如何在R语言中利用NMDS对不同采样点进行颜色编码？

核心思路 #

你需要保留原始数据中的Site分组信息，将其作为颜色映射的依据——不管每个Site对应的采样事件数量多少，同一Site的所有采样点都会使用相同颜色。

基于vegan原生绘图的修改方案 #

1. 提取数据并完成NMDS计算：

library(vegan)

# 提取物种丰度数据（与你原代码一致）
test2 <- data.frame(relative_abundance_fish_data[1:100,5:51])
test2.hel <- decostand(test2, method = "hellinger")

# 提取Site分组信息，用于后续着色
site_groups <- relative_abundance_fish_data[1:100, "Site"]

# 设置固定随机种子，确保结果可重复
set.seed(123)
nmds1 <- metaMDS(test2.hel, autotransform = F)

2. 按Site着色并绘制NMDS图：

# 为每个Site分配唯一颜色
unique_sites <- unique(site_groups)
color_palette <- rainbow(length(unique_sites))
site_color_vec <- color_palette[match(site_groups, unique_sites)]

# 绘制NMDS点图，按Site着色
ordiplot(nmds1, type = "points", col = site_color_vec, pch = 16, cex = 1.2)

# 添加图例区分不同Site
legend("topright", 
       legend = unique_sites, 
       fill = color_palette, 
       title = "Site",
       cex = 0.8)

基于ggplot2+ggvegan的美观方案（可选） #

如果想要更灵活的样式调整，推荐使用ggvegan结合ggplot2：

# 安装并加载所需包
install.packages("ggvegan")
library(ggvegan)
library(ggplot2)

# 将NMDS结果转换为数据框，并关联Site信息
nmds_scores <- as.data.frame(scores(nmds1, display = "sites"))
nmds_scores$Site <- site_groups

# 绘制带颜色分组的NMDS图
ggplot(nmds_scores, aes(x = NMDS1, y = NMDS2, color = Site)) +
  geom_point(size = 3, alpha = 0.8) # alpha参数避免点重叠遮挡
  theme_bw() +
  labs(title = "NMDS of Fish Community Composition (San Antonio River Basin)",
       x = "NMDS Axis 1",
       y = "NMDS Axis 2") +
  scale_color_brewer(palette = "Set3") # 使用柔和的配色方案

关键说明 #

• 代码中site_groups直接关联了每个采样点对应的Site，同一Site下的所有采样事件（无论数量多少）都会被赋予相同颜色。
• 若你的Site列在数据中的位置或列名不同，只需调整relative_abundance_fish_data[1:100, "Site"]中的索引或列名即可。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者olivia r