为何geom_bar未正确绘制数据框中的y值？

你运行以下代码生成数据框后，绘制堆叠柱状图时发现y轴显示的数值和数据框里的单个值对不上：

set.seed(1)
specie <- c(rep("sorgho" , 3) , rep("poacee" , 3) , rep("banana" , 3) , rep("triticum" , 3), rep('berrie', 3) )
condition <- rep(c("normal" , "stress" , "Nitrogen") , 5)
value <- append( abs(rnorm(12 , 0 , 15)), rep(NA,3))
data <- data.frame(specie,condition,value)

生成的数据框如下：

specie condition     value
1    sorgho    normal  9.396807
2    sorgho    stress  2.754650
3    sorgho  Nitrogen 12.534429
4    poacee    normal 23.929212
5    poacee    stress  4.942617
6    poacee  Nitrogen 12.307026
7    banana    normal  7.311436
8    banana    stress 11.074871
9    banana  Nitrogen  8.636720
10 triticum    normal  4.580826
11 triticum    stress 22.676718
12 triticum  Nitrogen  5.847649
13   berrie    normal        NA
14   berrie    stress        NA
15   berrie  Nitrogen        NA

绘图代码：

ggplot(data, aes(fill=condition, y=value, x=specie)) + 
  geom_bar(position="stack", stat="identity")

生成的图表：

原因解释 #

你用的是position="stack"的堆叠柱状图，这种图表的y轴显示的是每个物种下所有condition对应的value的总和，而不是单个condition的数值。比如sorgho的三个value相加（9.4+2.8+12.5≈24.7），刚好对应图表中sorgho柱子的总高度，所以y轴的刻度是总和的范围，和单个值自然不匹配。另外berrie的value全是NA，所以没有显示柱子。

解决办法 #

根据你的需求选择对应的方案：

1. 展示单个condition的数值（并列柱状图）
   如果想让每个condition的数值单独显示，把position="stack"改成position="dodge"，让柱子并列排列：

ggplot(data, aes(fill=condition, y=value, x=specie)) + 
  geom_bar(position="dodge", stat="identity")

2. 保留分组但避免堆叠总和（分面图表）
   如果需要按物种和condition分组展示单个值，改用分面柱状图更合适：

ggplot(data, aes(fill=condition, y=value, x=condition)) + 
  geom_bar(stat="identity") +
  facet_wrap(~specie)

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Noah_Seagull