我明白你的问题了——你希望差值计算的结果只保留pa_rast对应的小范围，而不是继承原栅格r的大范围。当前代码得到大范围结果的原因很直接：你是基于完整的r（大范围栅格）进行减法运算的，所以运算结果自然会继承r的空间范围。下面给你几种简单的解决方法：

方法一：直接基于已裁剪的pa_rast计算（最推荐） #

既然pa_rast已经是r裁剪并掩码到目标区域的结果，那我们直接用它来做差值计算就好，结果自然会和pa_rast的范围一致：

# 直接使用pa_rast进行运算，避免处理大范围栅格
diff_pa <- sum(pa_rast - unlist(m_pa))

这样得到的diff_pa会自动继承pa_rast的空间范围、分辨率和掩码设置，完全符合你的需求。

方法二：先裁剪原栅格，再计算差值 #

如果你需要保留原r的完整数据，也可以先把r裁剪到pa的范围，再进行运算：

# 将r裁剪并掩码到pa的范围，得到和pa_rast一致的栅格
r_cropped <- crop(r, pa, mask = TRUE)
# 计算差值之和
diff_pa <- sum(r_cropped - unlist(m_pa))

这个方法和方法一效果一致，只是多了一步裁剪（不过你已经生成过pa_rast，所以方法一更高效）。

方法三：对已有大范围结果进行后处理 #

如果你已经得到了大范围的diff_pa，也可以在它的基础上裁剪并掩码到目标区域：

# 基于你原来的代码得到diff_pa后，裁剪到pa的范围
diff_pa_cropped <- crop(diff_pa, pa, mask = TRUE)

这样diff_pa_cropped就是你需要的小范围结果。

验证结果 #

你可以用ext(diff_pa)来查看结果的空间范围，它应该和ext(pa_rast)完全一致：

ext(diff_pa)
ext(pa_rast)

另外补充一句：你计算各图层均值的逻辑是对的，global(pa_rast, "mean", na.rm=T)能正确得到每个图层的有效均值，unlist(m_pa)也能正确匹配图层顺序，问题只是出在运算时的栅格范围选择上。

内容来源于stack exchange