运行SpATS分析脚本时出现‘undefined column error’问题求助

错误原因 #

R是大小写敏感的编程语言，你的数据集里行列对应的列名是Columns和Rows（首字母大写），但脚本中SpATS()函数的spatial参数里写的是columns和rows（全小写），程序找不到这两个小写命名的列，因此抛出"undefined columns selected"错误。

修正后的脚本 #

# Analyze another data set with row / col data using SpATS
library(plantbreeding)    # load library
data(dataset)
head(dataset)
str(dataset)
dataset$genotypes <- as.factor(dataset$genotypes)
# 修正行列变量名的大小写，匹配数据集实际列名
m1 <- SpATS(response = "yield", spatial = ~ SAP(Columns, Rows), genotype = "genotypes", data = dataset)
plot(m1, all.in.one = TRUE)  # see all plots in a common plot

额外验证步骤 #

如果之后仍有类似问题，可先运行以下命令确认数据集的列名，确保调用的变量名和实际列名完全一致：

colnames(dataset)

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Shawnw