如何使用pegas/ape移除单倍型网络图中的异常延伸线条？

我正在构建单倍型网络图，已编写包含包安装、序列导入比对、单倍型识别及网络构建的R代码，但按pegas包的PlotHaploNet手册步骤操作后，生成的图中连接线条异常延伸至图外，而非仅连接单倍型圆圈，附上效果图，请问需修改代码何处可解决该问题？

已编写的R代码 #

1. 安装并加载所需包 #

# 安装BiocManager（若未安装）
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
  install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("Biostrings")

BiocManager::install("msa")
install.packages('ape')
install.packages('ips')
install.packages('ggtree')
install.packages('tidyverse')
install.packages('haplotypes')
install.packages('pegas')
install.packages('stats')
BiocManager::install("ggtree")

# 加载包
library('Biostrings')
library('msa')
library('ape')
library('ips')
library('ggtree')
library('ggplot2')
library('haplotypes')
library('pegas')
library('stats')

2. 序列导入与比对 #

# 读取FASTA格式序列文件
DNAString<-readDNAStringSet('C:\\Users\\annet\\OneDrive - Wageningen University & Research\\Jaar 2\\Thesis\\Data\\Ruwe_Data\\CytoB_Fastafile.fas', 
                            format="fasta",nrec=-1L, skip=0L, seek.first.rec=FALSE,use.names=TRUE, with.qualities=FALSE) 
# 用ClustalW算法进行多序列比对
DNAMSATEST<-msa(inputSeqs = DNAString, method = c("ClustalW"), cluster = "default", 
                gapOpening = "default", gapExtension = "default", type = "default",
                order = c("aligned"), verbose = FALSE,help = FALSE)
# 将比对结果转换为DNAbin格式
DNABinTEST <- as.DNAbin(DNAMSATEST) 

3. 单倍型识别与网络构建 #

# 识别单倍型（忽略匹配核苷酸，将末端空位视为N）
HaploTEST<-haplotype(DNABinTEST, labels = NULL, strict = FALSE,
                     trailingGapsAsN = TRUE) 

# 构建单倍型网络
HaploNetTEST <- haploNet(HaploTEST, d = NULL, getProb = FALSE)
print(HaploNetTEST)
print.default(HaploNetTEST, digits = NULL, quote =TRUE, na.print = NULL, print.gap =  NULL, right = FALSE, max = NULL,useSource = TRUE)
# 绘制网络图
plot(HaploNetTEST)

异常效果图 #

问题解决方法 #

线条异常延伸通常源于序列比对中的大量空位/缺失值，或单倍型距离计算异常，可通过以下修改解决：

• 修剪比对序列：用trimAl工具去除比对后序列两端的空位，减少无效位点干扰：

  # 修剪比对序列，移除两端空位
  DNABinTEST_trimmed <- trimAl(DNABinTEST, type = "gappyout")
  # 用修剪后的序列重新识别单倍型
  HaploTEST<-haplotype(DNABinTEST_trimmed, labels = NULL, strict = FALSE, trailingGapsAsN = TRUE)
  

• 手动传入距离矩阵：避免haploNet自动计算距离出错，提前计算汉明距离矩阵并传入：

  # 计算单倍型间汉明距离
  dist_mat <- dist.hamming(HaploTEST)
  # 基于指定距离矩阵构建网络
  HaploNetTEST <- haploNet(HaploTEST, d = dist_mat, getProb = FALSE)
  

• 调整绘图参数：绘图时通过scale.ratio控制线条与单倍型大小的比例，或用xlim/ylim限定绘图范围：

  # 调整比例并限定坐标轴范围，避免线条溢出
  plot(HaploNetTEST, scale.ratio = 0.5, xlim = c(-10, 10), ylim = c(-10, 10))
  

  可根据实际效果调整scale.ratio和坐标轴范围的数值。

• 清理异常单倍型：检查单倍型数据，删除全为N或空位的异常单倍型：

  # 查看单倍型统计信息
  summary(HaploTEST)
  # 假设第3个单倍型异常，删除后重新构建网络
  HaploTEST_cleaned <- HaploTEST[-3]
  HaploNetTEST <- haploNet(HaploTEST_cleaned, d = NULL, getProb = FALSE)
  

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Annet Nieuwenhoven