Python中保存编辑后的.nrrd文件失败（含报错），求解决方法

问题重现 #

运行以下代码保存调整尺寸后的NRRD文件时出现报错：

!pip install pynrrd
import numpy as np
import nrrd
import cv2
from PIL import Image
import matplotlib.pyplot as plt

readdata,header = nrrd.read("/content/drive/MyDrive/Colab Notebooks/Image/imagingVolume .nrrd")
print('readdata: ', readdata.shape) #(256,256,30)

readdata = cv2.resize(readdata,(192,256))
readdata = np.transpose(readdata, (2,0,1))
print(readdata.shape) #(30,256,192)
cv2.imwrite("/content/drive/MyDrive/Colab Notebooks/","reshaped.nrrd")

报错信息：

Overload resolution failed:
- img is not a numpy array, neither a scalar
- Expected Ptr<cv::UMat> for argument 'img'

错误原因 #

1. 参数顺序错误：cv2.imwrite的第一个参数需要是完整的文件路径（包含文件名），你把路径和文件名拆成两个参数传入，导致函数识别错误。
2. 工具不匹配：cv2.imwrite仅支持保存2D图像格式（如PNG、JPG），无法处理3D的NRRD医学图像格式，必须使用pynrrd库的nrrd.write方法。

修正后的代码 #

!pip install pynrrd
import numpy as np
import nrrd
import cv2

# 读取NRRD文件
readdata, header = nrrd.read("/content/drive/MyDrive/Colab Notebooks/Image/imagingVolume .nrrd")
print('原始数据形状: ', readdata.shape) #(256,256,30)

# 调整尺寸：注意cv2.resize的尺寸参数是(width, height)，对应原数组的后两个维度
readdata = cv2.resize(readdata, (192, 256))
# 转置为NRRD常用的(z, y, x)维度顺序
readdata = np.transpose(readdata, (2, 0, 1))
print('调整后数据形状: ', readdata.shape) #(30,256,192)

# 更新header中的尺寸信息，确保与新数据匹配
header['sizes'] = readdata.shape

# 使用nrrd.write保存文件，传入完整路径
nrrd.write("/content/drive/MyDrive/Colab Notebooks/reshaped.nrrd", readdata, header)

关键说明 #

• 调整数据尺寸后，必须同步更新NRRD的header信息（尤其是sizes字段），否则后续读取文件时会出现维度不匹配的问题。
• 始终使用nrrd.write处理NRRD格式文件，避免用图像类工具保存3D医学数据。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Aditya Kamath