嘿，我知道你为啥只有轴标题生效了——heatmap.2是基于R的基础绘图系统写的，不是ggplot2那一套！你之前加的theme_bw()和element_text()都是ggplot的语法，对它完全没用，这就是行名、列名没变化的核心原因。

下面给你一套能让所有文本（行名、列名、轴标题）都变成Times New Roman的解决方案：

第一步：确保字体正确加载 #

先把extrafont和gplots的环境搭好，字体导入只需要做一次：

# 安装需要的包（第一次运行时）
install.packages(c("extrafont", "gplots"))
library(extrafont)
library(gplots)

# 导入系统字体（仅需运行一次，运行时间可能较长）
font_import()

# 根据你的设备加载字体：
# 如果是导出PDF，用这个：
loadfonts(device = "pdf")
# 如果是在RStudio窗口显示，Windows系统用这个：
# loadfonts(device = "win")
# Mac系统用这个：
# loadfonts(device = "quartz")

# 可以用这个命令确认Times New Roman是否已导入
fonts()

第二步：修改Heatmap.2代码 #

用基础绘图的全局设置来指定字体，再配合heatmap.2的专属参数控制字号：

# 全局设置基础绘图的字体为Times New Roman，且加粗（对应你之前的face="bold"）
par(family = "Times New Roman", font = 2)

# 绘制热图
heatmap.2(data,
          Colv = NA, 
          Rowv = NA, 
          scale = "row", 
          tracecol = NA, 
          col = terrain.colors(256), 
          xlab = "Treatments", 
          ylab = "Genes of Interest",
          # 设置行名、列名的字号
          cexRow = 12, 
          cexCol = 12,
          # 设置轴标题的字号
          cex.lab = 12
)

关键说明 #

• 为啥之前的theme没用？因为heatmap.2不属于ggplot2生态，它的所有文本样式都受基础绘图的par()参数控制，和ggplot的主题系统完全不兼容。
• 如果你的系统里Times New Roman的名称不是这个（比如部分Linux系统叫Times），可以用fonts()命令查看准确的字体名称，替换par(family = "...")里的内容。
• 导出PDF时，一定要先运行loadfonts(device = "pdf")，否则字体可能无法嵌入PDF，打开后会变成默认字体。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Maria Faleeva