R语言按Plot_ID列表筛选数据框行时遇警告问题求助

1. 先搞定id_kort的格式问题 #

你用c(df[,"Plot_ID"])拿ID列表的时候，如果df是tidy风格的数据框（比如tibble），df[,"Plot_ID"]返回的是单列数据框不是向量，套个c()会变成列表，这就导致%in%匹配时出现维度不匹配的警告。

正确提取向量的方法：

# 最省事的方法：用$直接提取列向量
id_kort <- df$Plot_ID
# 要是非得用索引，普通数据框可以这么写，tibble要加drop=TRUE
id_kort <- df[,"Plot_ID", drop=TRUE]

另外如果Plot_ID是因子类型，转成字符型能避免匹配出错：

id_kort <- as.character(df$Plot_ID)

2. 重新筛选数据 #

用修正后的id_kort筛选，两种靠谱方式：

方式1：用subset #

vg_data_kort <- subset(df2, Plot_ID %in% id_kort)

方式2：用行索引（稳定性更高） #

vg_data_kort <- df2[df2$Plot_ID %in% id_kort, ]
# 要是用tidyverse的话，推荐用filter
library(dplyr)
vg_data_kort <- df2 %>% filter(Plot_ID %in% id_kort)

3. 为啥df2[as.character(df$Plot_ID),]全是NA？ #

你这么写是把Plot_ID的值当行名去索引df2，但df2的行名默认是数字（比如1、2、3...），根本不是你的Plot_ID字符串，自然找不到匹配的行，所以全是NA。非要这么用的话，得先把df2的行名改成Plot_ID：

# 先设置行名
rownames(df2) <- df2$Plot_ID
# 再索引
vg_data_kort <- df2[as.character(df$Plot_ID), ]

不过这种方法不推荐，行名很容易出问题，还是用前面的筛选方法更稳妥。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Flóki