使用ggplot2的facet_wrap函数拆分绘图时的异常问题求助

问题根源 #

你现在把x轴映射成了factor(genotype)，同时又按genotype分面。虽然每个子图只对应单个基因型的数据，但genotype作为因子的所有水平（PsbS和T259D）都存在于整个数据集里，所以x轴会默认显示所有因子水平，哪怕当前子图没有对应数据。

正确解决方案 #

把x轴的映射从genotype换成line——毕竟每个子图要展示的是对应基因型下不同品系（line）的数据，这样每个子图的x轴只会显示当前基因型对应的line，完全符合你的需求。

修正后的完整代码 #

library(readr)
library(ggplot2)

# 读取数据
RE <- read_csv("Cq.csv")

# 绘图
ggplot(data=RE, mapping = aes(x = line, y = cq, fill= line))+
  geom_bar(stat = "identity", position = "dodge")+
  geom_errorbar(aes(ymin=cq-SEM, ymax=cq+SEM), width=.2, position=position_dodge(width= 0.9))+
  theme_bw()+
  theme(text = element_text(size = 15))+
  facet_wrap(~genotype)

额外说明 #

• 原代码里的n geom_errorbar是笔误，已经帮你去掉了多余的n
• 如果非要保留x轴为genotype，可以给facet_wrap加上scales="free_x"参数，强制每个子图的x轴只显示当前存在的水平，但这种方式每个子图x轴只有一个标签，展示效果远不如用line作为x轴直观：

  ggplot(data=RE, mapping = aes(x = factor(genotype), y = cq, fill= line))+
    geom_bar(stat = "identity", position = "dodge")+
    geom_errorbar(aes(ymin=cq-SEM, ymax=cq+SEM), width=.2, position=position_dodge(width= 0.9))+
    theme_bw()+
    theme(text = element_text(size = 15))+
    facet_wrap(~genotype, scales="free_x")
  

内容的提问来源于stack exchange，提问作者wychin