运行R CMD build构建BSgenome包时遇动态库加载错误求助

具体修复步骤 #

• 先确认readline库是否安装
  打开终端，用包管理器检查：

  # macOS用Homebrew的情况
  brew list readline
  # 用MacPorts的话替换成 port installed readline
  

  要是没安装，直接装：

  brew install readline
  

• 临时指定库路径再执行build
  先找到readline的安装路径（Homebrew在Intel Mac上一般是/usr/local/opt/readline/lib，M系列芯片是/opt/homebrew/opt/readline/lib），然后设置环境变量再运行命令：

  export DYLD_LIBRARY_PATH="/你的readlib路径:$DYLD_LIBRARY_PATH"
  R CMD build BSgenome.Ppatens.v3.3
  

• 重新编译R绑定正确的readline版本
  如果上面的方法没用，可能是R编译时用的readline版本和现在系统里的不匹配。可以重新编译R，编译时指定readline路径：

  ./configure --with-readline=/你的readlib路径
  make
  make install
  

• 替换R可执行文件的依赖链接
  先检查R依赖的readline版本：

  otool -L $(which R) | grep readline
  

  要是显示的是缺失的libreadline.6.2.dylib，就用install_name_tool替换成当前系统有的版本（比如libreadline.8.dylib）：

  install_name_tool -change @rpath/libreadline.6.2.dylib /你的readlib路径/libreadline.8.dylib $(which R)
  

内容的提问来源于stack exchange，提问作者rdv