R语言代码执行出现integer overflow导致NA，请问问题根源是什么？

问题描述 #

我按照相关教程操作，使用指定文件运行以下R代码时，出现整数溢出（integer overflow）并生成NA：

spec1_25 <- read.table("spec1_25mer.histo")
plot(spec1_25[5:200,],type="l")
points(spec1_25[16:200,])
sum(as.numeric(spec1_25[16:10000,1]*spec1_25[16:10000,2]))
[1] NA
Warning message:
In spec1_25[16:10000, 1] * spec1_25[16:10000, 2] :
  NAs produced by integer overflow

问题原因 #

R默认使用32位整数类型，其取值上限约为21亿。当spec1_25数据中第1列和第2列的数值相乘结果超过这个上限时，就会触发整数溢出，直接生成NA。

解决方法 #

方法1：用64位整数加载数据 #

先安装并加载bit64包，读取数据时指定64位整数类型，支持更大的数值范围：

# 安装包（仅第一次需要）
install.packages("bit64")
library(bit64)

# 读取数据时指定列类型
spec1_25 <- read.table("spec1_25mer.histo", colClasses = c("integer64", "integer64"))

# 重新执行计算
sum(spec1_25[16:10000,1] * spec1_25[16:10000,2])

方法2：计算前转换为浮点型 #

无需额外包，将其中一列转换为numeric（浮点型）后再相乘，浮点型的数值范围远大于32位整数：

spec1_25 <- read.table("spec1_25mer.histo")
# 将第二列转成numeric后再计算
sum(spec1_25[16:10000,1] * as.numeric(spec1_25[16:10000,2]))

内容的提问来源于stack exchange，提问作者user3523406