如何将含sample列的数据集转为矩阵以在R中运行prcomp？

步骤1：修复数值列格式 #

你的area列用逗号作为千分分隔符，trnsp列用逗号作为小数点，需要先将它们转换为数值类型：

# 假设原始数据框名为df
df$area <- as.numeric(gsub(",", "", df$area))
df$trnsp <- as.numeric(gsub(",", ".", df$trnsp))

步骤2：设置行名并移除sample列 #

将sample列的值指定为数据框行名，随后删除原sample列：

rownames(df) <- df$sample
df <- df[, !names(df) %in% "sample"]

步骤3：转换为矩阵 #

此时数据框已满足要求，直接转换为矩阵即可：

data_matrix <- as.matrix(df)

现在运行prcomp(data_matrix)就能正常执行主成分分析了。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Gonzalo de Quesada