R 4.0（Windows 64位）无法识别Rtools及包丢失问题求助

嘿，这俩问题确实是有关联的！大概率都是R的环境变量或者包安装路径没配置到位导致的，咱们一步步来解决：

先把Rtools的配置捋顺：

• 首先确认版本匹配：R 4.0对应的是Rtools40，别装错版本啦。去你的安装目录（默认是C:\rtools40）看看，里面得有usr\bin和mingw64\bin这些子目录才行。
• 然后检查环境变量：
  右键「此电脑」→属性→高级系统设置→环境变量，在系统变量的Path里，添加这两个路径：C:\rtools40\usr\bin和C:\rtools40\mingw64\bin（要是你改了安装路径，就换成自己的路径）。关键是要把这俩路径移到Path的最前面，避免和其他工具冲突。
  另外，在R里跑一行命令：writeLines('PATH="${RTOOLS40_HOME}\\usr\\bin;${PATH}"', con = file.path(Sys.getenv("HOME"), ".Renviron"))，这会在你的用户目录生成一个.Renviron文件，每次启动R都会自动加载这个配置，帮R找到Rtools。
• 最后验证生效没：重启R后，运行Sys.which("make")，如果返回的是C:\rtools40\usr\bin\make.exe这类路径，就说明配置对了；要是返回空或者其他路径，就得再检查环境变量的设置。

这个一般是包装到了临时路径，或者R的库路径配置错了：

• 先看看当前R的库路径：运行.libPaths()，正常输出应该包含你的用户目录（比如C:\Users\你的用户名\Documents\R\win-library\4.0）和R安装目录下的library。如果输出只有临时路径，那就是问题所在。
• 设置永久库路径：
  去你的用户目录（一般是C:\Users\你的用户名），创建一个叫.Rprofile的文本文件（注意文件名开头有个点），里面加一行：.libPaths(c("C:/Users/你的用户名/Documents/R/win-library/4.0", .libPaths()))，把路径换成你有读写权限的文件夹（别选Program Files这种需要管理员权限的地方，容易出问题）。
  嫌手动创建麻烦的话，在R里跑：writeLines('.libPaths(c("C:/Users/你的用户名/Documents/R/win-library/4.0", .libPaths()))', con = file.path(Sys.getenv("HOME"), ".Rprofile"))，自动生成这个文件。
• 重新安装测试：现在再跑install.packages("phyloseq")，装完后用library(phyloseq)测试能不能加载。重启R之后再试一次library(phyloseq)，要是能正常加载就搞定了。

其实根源都是R的环境配置没生效：

• 如果Rtools的环境变量没配好，R编译安装包时找不到工具，不仅会弹出警告，还可能因为编译/权限问题把包临时装到了临时目录，导致新会话找不到这些包。
• 反过来，要是包安装的路径不对（比如没权限），R安装时可能会有隐性错误，同时也会干扰Rtools的检测——毕竟环境变量和库路径是相互关联的，配置乱了就会连锁出问题。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Lamma