我之前在处理H7系列板子的CubeMX配置时也碰到过类似的奇怪代码生成问题，结合你的描述，给你梳理几个实用的排查方向：

• 先核对引脚配置与复用模式
  打开CubeMX的「Pinout & Configuration」视图，先确认USART3的PD8/PD9是不是被正确设为Alternate Function Mode（复用功能模式），并且右侧面板里的AF编号选对了——H7S3L8的USART3 TX/RX对应的AF应该是AF7，别选错了。要是引脚被误设为普通IO模式，或者AF编号不对，CubeMX就会乱拆分配置逻辑，甚至跳过部分代码生成。

• 检查Code Generator的关键设置
  切换到「Project Manager」标签的「Code Generator」部分：

  • 确保勾选了**"Generate peripheral initialization as a pair of '.c/.h' files per peripheral"**，没勾的话初始化代码很容易分散或缺失；
  • 重点看GPIO的生成选项，是不是设为**"Generate all GPIO initialization calls in MX_GPIO_Init()"**？要是这个选项被改成了其他模式，复用引脚的配置就会被放到对应外设的HAL_UART_MspInit()这类函数里，而不是统一的MX_GPIO_Init()里，这就是你看到的现象；
  • 还要确认时钟树完全配置好，没有红色警告——时钟配置有冲突的话，CubeMX会直接跳过SystemClock_Config()的生成。

• 重置代码生成缓存，同步ioc配置
  有时候项目里的.ioc文件和生成的代码不同步，缓存会搞出怪事：

  • 先备份项目，关闭CubeIDE，删掉项目里的Generated Code文件夹（就是存stm32h7rsxx_hal_msp.c、main.c的那个文件夹）；
  • 重新打开CubeMX加载你的.ioc文件，点击「Generate Code」重新生成，这样能彻底清除旧代码的干扰。
    另外，也可以更新下H7RS系列的HAL包——旧版本包对新MCU的支持容易有bug，在CubeIDE的「Help > Manage embedded software packages」里就能更新。

• 排查引脚复用冲突
  哪怕是最小配置，也得确认PD8/PD9、PD10没被其他外设占用。在Pinout视图里，引脚右上角如果有多个图标就是有冲突，CubeMX会优先处理高优先级外设，导致GPIO配置异常。你可以在「Conflicts」标签里看有没有提示，有冲突的话调整引脚或者禁用冲突外设。

关于你提到的MX_GPIO_Init()只开时钟不配置引脚的问题，本质就是复用引脚的配置被交给了外设的MspInit函数，只要调整上面说的Code Generator选项，就能把所有GPIO配置统一到MX_GPIO_Init()里。

要是这些方法都试过还不行，你可以导出当前的.ioc备份，新建一个空白项目重新配置引脚和外设，对比两个项目的设置差异——很多时候都是某个不起眼的小选项被误改了导致的。

内容来源于stack exchange