ggplot2中stat_smooth报错：x唯一值不足支持10个knots，如何调整k？

问题场景 #

你运行了以下适配后的代码：

t3 %>%
  gather(-Border, key = "var", value = "value") %>%
  ggplot(aes(x = value, y = Border)) +
  geom_point() +
  stat_smooth() +
  facet_wrap(~ var, scales = "free") +
  theme_bw() 

出现报错：Computation failed in stat_smooth(): x has insufficient unique values to support 10 knots: reduce k。你的数据中仅一个变量有20个唯一值，其余变量唯一值在5-6之间，总样本量1000，需要保留平滑线。

解决方案 #

1. 如何降低k值 #

直接在stat_smooth()中通过指定模型公式设置k值即可。推荐用广义可加模型（GAM），通过formula = y ~ s(x, k = 5)明确限定k值，修改后的代码如下：

t3 %>%
  gather(-Border, key = "var", value = "value") %>%
  ggplot(aes(x = value, y = Border)) +
  geom_point() +
  stat_smooth(method = "gam", formula = y ~ s(x, k = 5)) +
  facet_wrap(~ var, scales = "free") +
  theme_bw() 

如果偏好loess方法，也可以通过调整span参数控制平滑程度（span值越小拟合越贴近数据，越大则越平滑），示例：

stat_smooth(method = "loess", span = 0.75)

但针对你的数据情况，用GAM指定k值的方式更直接解决报错问题。

2. k=5是否合理 #

对于唯一值在5-6之间的变量，k=5完全合理：

• 样条拟合的k值（节点数）不能超过x变量的唯一值数量，否则会因自由度不足报错
• k=5匹配了你大部分变量的唯一值规模，既能生成合适的平滑趋势线，也不会出现过度拟合或无法计算的问题

内容的提问来源于stack exchange，提问作者user2502904