如何在ggplot分组计数条形图中按Depth组显示百分比？

我现有如下代码：

tbl <- with(mydata, table(Species, Depth))
library(ggplot2)
ggplot(as.data.frame(tbl), aes(factor(Depth), Freq, fill = Species)) +     
  geom_col(position = 'dodge')

以及如下数据框：

Site Depth Substrate PoePres HaliPres Species
1      2   0.5      Sand       0        1  DMonte
2      2   0.5      Sand       0        1  DMonte
3      2   0.5      Sand       0        1  DMonte
4      2   0.5      Sand       0        1  DMonte
5      2   0.5      Sand       0        1  DMonte
6      2   0.5      Sand       0        1  DSandi
7      2   0.5      Sand       0        1  DSandi
8      2   0.5      Sand       0        1  DSandi
9      7   0.6      Sand       0        1  DMonte
10     7   0.6      Sand       0        1  DMonte
11     7   0.6      Sand       0        1  DMonte

希望将当前按计数展示的条形图，改为按Depth组显示百分比，该如何实现？

这里提供两种实用的实现方式：

方法一：先手动计算组内百分比（数据透明，易调整） #

用dplyr分组计算每个Depth组内各Species的占比，再绘图：

library(ggplot2)
library(dplyr)

# 计算每个Depth组内的百分比
mydata_percent <- mydata %>%
  group_by(Depth) %>%
  count(Species) %>%  # 统计每个Depth下各Species的数量
  mutate(percent = n / sum(n) * 100)  # 计算百分比

# 绘制分组百分比条形图
ggplot(mydata_percent, aes(x = factor(Depth), y = percent, fill = Species)) +
  geom_col(position = "dodge") +  # 条形并列展示
  labs(y = "百分比(%)")  # 自定义y轴标签

方法二：直接在ggplot中自动计算百分比（代码简洁） #

利用after_stat()和group参数，让ggplot自动计算组内占比：

library(ggplot2)
library(scales)

ggplot(mydata, aes(x = factor(Depth), fill = Species)) +
  geom_col(aes(y = after_stat(prop), group = Depth), position = "dodge") +
  labs(y = "百分比(%)") +
  scale_y_continuous(labels = percent_format())  # 将小数转为百分比格式显示

说明 #

• 两种方法都能实现按Depth组展示Species的百分比，方法一适合需要查看中间计算结果的场景，方法二更简洁高效。
• position = "dodge"保证同一Depth下的不同Species条形并列展示，若想堆叠展示百分比，可将其改为position = "fill"。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Lili