求助：用ggplot2生成WT在前Mutant在后的双组水平条形图

原本希望在同一水平条形图中展示基因数量（Gene number）与富集倍数（Enrichment fold change），初始数据如下：

但生成的图表未适配右侧轴，于是更新数据为WT和Mutant两组的基因数量：

使用以下R代码生成了分面堆叠条形图，但不符合需求，需要将WT放在前、Mutant放在后：

library(tidyverse)

df <- read.table(text = "Name   WT  Mutant
'cellular process'  200 2
'Biological phase'  150 5
'cell process'  100 9", header = TRUE)

df %>%
  pivot_longer(-Name) %>%
  ggplot(aes(x = Name, y = value, fill = name)) +
  geom_col(position = position_stack()) +
  coord_flip() +
  facet_wrap(~name)

调整WT与Mutant的堆叠顺序（取消分面） #

原代码的facet_wrap(~name)会将WT和Mutant分成两个子图，不符合“同一条形图”的需求。要让WT在前、Mutant在后堆叠展示，需通过因子指定分组顺序，同时移除分面：

library(tidyverse)

df <- read.table(text = "Name   WT  Mutant
'cellular process'  200 2
'Biological phase'  150 5
'cell process'  100 9", header = TRUE)

df %>%
  pivot_longer(-Name) %>%
  # 将name转为因子，指定WT为第一层级
  mutate(name = factor(name, levels = c("WT", "Mutant"))) %>%
  ggplot(aes(x = Name, y = value, fill = name)) +
  geom_col(position = position_stack()) +
  coord_flip() +
  # 同步图例顺序与堆叠顺序
  scale_fill_discrete(limits = c("WT", "Mutant"))

回到初始需求：同一水平条形图展示基因数量与富集倍数（双Y轴） #

如果你的核心需求是同时展示基因数量和富集倍数，可通过双Y轴实现，解决轴适配问题：

library(tidyverse)

# 加载初始数据
df <- read.table(text = "Name   Genes  Enrichment_fold_change
'cellular process'  10    2
'Biological phase'  5     5
'cell process'  8     9", header = TRUE)

ggplot(df, aes(x = Name)) +
  # 左侧Y轴：基因数量（水平条形）
  geom_col(aes(y = Genes), fill = "#619CFF", width = 0.6) +
  # 右侧Y轴：富集倍数（用点标记，需缩放匹配左侧轴范围）
  geom_point(aes(y = Enrichment_fold_change * 2), color = "#F8766D", size = 3) +
  coord_flip() +
  # 设置双Y轴，将缩放后的值还原为实际富集倍数
  scale_y_continuous(
    name = "Gene number",
    sec.axis = sec_axis(~./2, name = "Enrichment fold change")
  ) +
  theme_minimal() +
  labs(x = "Functional category")

说明：代码中Enrichment_fold_change * 2是为了让富集倍数的刻度与基因数量的刻度范围匹配，你可以根据实际数据调整缩放比例，保证图表展示协调。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Venkata Narasimha Kadali