如何用R在Quarto网站自动生成符合要求的出版物列表？

我打算用Quarto搭建新的学术网站，核心目标是减少周/月度维护工作量，让网站同时具备学术展示和基础CV功能，并且能通过Quarto整合.qmd文件生成PDF版CV。

另外，我需要用R从bib文件自动生成符合以下要求的出版物列表：

• 按@article和@book类型分类展示
• 每个分类内按年份降序排列（2022→2021→2020）
• 每个分类下的出版物要添加编号，比如@book类第一篇标[1]、第二篇标[2]
• 多作者时，高亮（加粗）我的名字（比如John Doe）

附示例bib文件条目：

@article{Doe2022b,
    author = {Doe, John},
    date-added = {2022-11-20 09:36:34 +0100},
    date-modified = {2022-11-20 09:37:52 +0100},
    doi = {10.1109/5.771073},
    journal = {Daily Prophet},
    number = {3},
    pages = {1-25},
    title = {I still know it better},
    volume = {25},
    year = {2020},
    bdsk-url-1 = {https://doi.org/10.1109/5.771073}}

@article{Doe2020,
    author = {Doe, Jane and Doe, John},
    date-added = {2022-11-20 09:34:29 +0100},
    date-modified = {2022-11-20 09:36:30 +0100},
    doi = {10.1109/5.771073},
    journal = {Daily Prophet},
    number = {1},
    pages = {18-35},
    title = {We know it better},
    volume = {23},
    year = {2020}}

@book{Doe2021,
    address = {Hogwarts},
    author = {Doe, John},
    date-added = {2022-11-20 09:34:11 +0100},
    date-modified = {2022-11-20 09:34:19 +0100},
    publisher = {Flourish and Blotts},
    title = {My first Book},
    year = {2021}}

@book{Doe2022,
    address = {Hogwarts},
    author = {Doe, John},
    date-added = {2022-11-20 09:32:15 +0100},
    date-modified = {2022-11-20 09:33:56 +0100},
    publisher = {Flourish and Blotts},
    title = {My second Book},
    year = {2022}}

解决方案 #

一、Quarto网站与PDF CV整合 #

Quarto支持同一源文件生成多格式输出，按以下步骤实现：

1. 把CV内容放在单独的cv.qmd文件中，可使用Quarto官方CV模板（执行quarto use template quarto-journals/resume）或自定义格式。
2. 在网站的_quarto.yml中添加该文件到导航栏，同时在cv.qmd的YAML头部指定PDF输出配置：

---
title: "John Doe - CV"
format:
  html:
    include-in-site: true # 让CV页面嵌入学术网站
  pdf:
    documentclass: article
    toc: false
---

后续更新CV只需修改cv.qmd，网站页面和PDF版本会同步生成，无需重复维护。

二、用R自动生成格式化出版物列表 #

借助bib2df读取bib数据，结合dplyr、purrr处理格式，具体实现如下：

1. 安装并加载依赖包

install.packages(c("bib2df", "dplyr", "purrr", "stringr"))
library(bib2df)
library(dplyr)
library(purrr)
library(stringr)

2. 读取并处理bib数据

# 读取目标bib文件
bib_df <- bib2df("your_publications.bib")

# 定义需要高亮的个人姓名
my_name <- "Doe, John"

# 数据清洗与格式化
processed_bib <- bib_df %>%
  filter(TYPE %in% c("ARTICLE", "BOOK")) %>% # 仅保留文章和书籍类型
  mutate(YEAR = as.integer(YEAR)) %>%
  arrange(TYPE, desc(YEAR)) %>% # 按类型分组、年份降序排序
  group_by(TYPE) %>%
  mutate(item_number = row_number()) %>% # 分类内生成序号
  ungroup() %>%
  # 格式化作者列表，高亮个人姓名
  mutate(
    formatted_authors = map_chr(AUTHOR, function(authors) {
      authors %>%
        str_replace_all(my_name, paste0("**", my_name, "**")) %>%
        paste(collapse = ", ")
    }),
    # 按类型生成标准化条目
    formatted_entry = case_when(
      TYPE == "ARTICLE" ~ paste0(
        "[", item_number, "] ", formatted_authors, ". (", YEAR, "). ",
        "**", TITLE, "**. *", JOURNAL, "*, ", VOLUME, "(", NUMBER, "), ", PAGES, ". ",
        ifelse(!is.na(DOI), paste0("https://doi.org/", DOI), "")
      ),
      TYPE == "BOOK" ~ paste0(
        "[", item_number, "] ", formatted_authors, ". (", YEAR, "). ",
        "**", TITLE, "**. ", ADDRESS, ": ", PUBLISHER, "."
      )
    )
  )

3. 在Quarto中调用展示

在学术网站的出版物页面（如publications.qmd）中，添加以下R代码块（设置echo: false隐藏代码）：

# 按类型分组输出出版物列表
processed_bib %>%
  group_by(TYPE) %>%
  group_walk(function(data, type) {
    cat(paste0("## ", str_to_title(type[[1]]), "s\n\n")) # 输出分类标题
    cat(paste0("- ", data$formatted_entry, collapse = "\n")) # 输出带序号的条目
    cat("\n\n")
  })

执行后会自动生成：

• 分类标题（Articles、Books）
• 每个分类下按年份降序排列的带编号条目，个人姓名自动加粗高亮

三、自动化维护 #

将上述R代码嵌入Quarto页面后，每次渲染网站时，Quarto会自动读取最新的bib文件并更新出版物列表，完全无需手动编辑条目。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者feder80