Bcftools 1.16添加F_MISSING标签失败的原因及解决方法

问题重现 #

执行以下命令筛选缺失率低于0.25的变异位点时：

bcftools +fill-tags input.vcf.gz -- -t 'F_MISSING' | bcftools view -i 'INFO/F_MISSING<0.25' -Oz -o output.vcf.gz

出现报错：

Error parsing "--tags F_MISSING": the tag "F_MISSING" is not supported

问题背景 #

• 该命令在Bcftools 1.15版本中可正常运行，但1.15与Snakefile依赖的其他软件包存在兼容性冲突
• 通过conda安装Bcftools 1.16后，发现配套的+fill-tags插件版本为1.9，旧版本插件不支持F_MISSING标签

解决方法 #

修改conda配置文件.condarc，仅保留conda-forge、bioconda、defaults三个通道，并按此顺序排列：

channels:
  - conda-forge
  - bioconda
  - defaults

重新安装Bcftools 1.16后，插件版本将与主程序版本匹配，此时+fill-tags插件可正常识别F_MISSING标签，命令顺利执行。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者ra23mik