conda环境已存在rdkit包，为何pip仍重复安装？

conda环境中已通过conda-forge安装了rdkit和mordred，但执行pip install -e .时，pip仍会重复安装同版本的rdkit，核心原因是pip与conda的包元数据存储格式不兼容：pip无法识别conda安装的rdkit包，会判定该依赖未被满足，因此从PyPI重新安装一份。

方案1：跳过依赖安装（最简便） #

直接执行带--no-deps参数的安装命令，跳过依赖检查与安装——你的conda环境已经满足所有依赖，无需重复安装：

pip install -e . --no-deps

方案2：改用conda开发模式安装 #

如果你的包主要在conda环境中使用，用conda自带的开发安装方式，彻底避免pip与conda的依赖冲突：

conda develop .

方案3：让pip识别conda安装的rdkit #

先确认conda环境的pip能否识别rdkit：执行pip list | grep rdkit，如果无输出，说明pip未识别到conda安装的包。此时可手动将conda的rdkit包注册到pip中：

1. 找到conda环境中rdkit的安装路径，示例路径为$CONDA_PREFIX/lib/python3.9/site-packages/rdkit（需替换为你环境的实际路径）
2. 进入该路径并生成pip可识别的元数据：

cd $CONDA_PREFIX/lib/python3.9/site-packages/rdkit
python setup.py egg_info

之后再执行pip install -e .，pip就能识别到已安装的rdkit，不会重复安装。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Martin