使用APE包drop.tip后进化树导出出现:0，如何彻底删除末端分支？

先改最明显的错误：导出的是原树 #

你代码里写的write.tree(L9_CRESS, ...)是把没处理过的原始树导出了，根本没用到你用drop.tip生成的dropped_tip_b9。先把这行改成：

write.tree(dropped_tip_b9, file = "L9_CRESS_V2.nwk", append = FALSE,
           digits = 5, tree.names = FALSE)

针对分支长度0的重复末端：调整drop.tip参数 #

你的待删除末端是分支长度为0的重复项，默认参数没法彻底清掉空分支，调整两个参数就能解决：

• 把collapse.singles = TRUE：删除末端后留下的单节点空分支（就是那些显示:0的部分）会被直接合并
• 保持trim.internal = TRUE：这个参数会删掉末端对应的内部分支，配合上面的参数刚好处理分支长度0的情况

修改后的drop.tip代码：

dropped_tip_b9 <- drop.tip(L9_CRESS, tip= c(232,260,261), trim.internal = TRUE, subtree = FALSE,
                          root.edge = 0, rooted = is.rooted(L9_CRESS), collapse.singles = TRUE,
                          interactive = FALSE)

补充：subtree = FALSE是默认值，更适合常规删除末端的场景；root.edge = 0是避免不必要的根边缘调整，如果你不需要保留根边缘的话可以这么设。

验证处理结果 #

改完后可以用这两行代码确认树的结构是否符合预期：

# 查看处理后的末端数量，确认目标末端已删除
length(dropped_tip_b9$tip.label)
# 检查是否还有分支长度为0的情况
any(dropped_tip_b9$edge.length == 0)

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Diego Olivo