FeaturePlot表达范围为何是-1到2？如何改为0到2？

直接给FeaturePlot加min.cutoff和max.cutoff参数，强制锁定颜色范围到0-2就行，修改后的代码如下：

pericyte <- FeaturePlot(sunion, reduction = "umap", 
                        features = c("Mefesk4", "Vtn", "Colec11", "Abcc9", "Myo1v", "Cooh7", "Heyl", "Kcnj8", "Gnb4", "Rgs5"),
                        min.cutoff = 0, 
                        max.cutoff = 2)

你之前用keep.scale = "all"反而全变成-1到2，是因为这些基因里有部分经过标准化/scaling后存在负值表达值，keep.scale会自动对齐所有基因的全局最小、最大表达值，所以把整体范围拉低到了-1。而手动设置min.cutoff=0后，所有低于0的表达值都会被截断为0，这样所有图的颜色范围就统一成0到2，非表达聚类也会显示灰色。

如果后续需要调整刻度范围，直接修改这两个参数的数值即可，比如想把上限调到3，就把max.cutoff改成3。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者VaiskiV