使用vegan包rarecurve函数报错：(subscript) logical subscript too long

报错原因 #

rarecurve（vegan包）要求输入的矩阵必须是行对应样本、列对应OTU/分类单元的格式，但phyloseq的otu_table默认设置通常是行对应OTU、列对应样本（可通过taxa_are_rows()验证）。直接将这种方向的otu_table传入rarecurve时，函数会因维度不匹配触发下标逻辑长度错误。

解决方法 #

方法1：转置otu_table后传入 #

先转置otu_table，确保样本为行、OTU为列，再传入rarecurve：

data("GlobalPatterns")
# 转置otu_table，调整为样本行、OTU列的格式
otu_mat <- t(otu_table(GlobalPatterns))
# 调用rarecurve
rare <- rarecurve(otu_mat, step=100, lwd=2, ylab="OTU", label=F)

方法2：确认并调整otu_table的方向 #

先检查当前otu_table的方向，再调整后转换为矩阵：

data("GlobalPatterns")
# 查看otu_table的行类型（通常返回TRUE，即行是OTU）
taxa_are_rows(otu_table(GlobalPatterns))
# 调整为样本行的格式并转换为矩阵
otu_mat <- as(otu_table(GlobalPatterns, taxa_are_rows=FALSE), "matrix")
# 绘制稀释曲线
rare <- rarecurve(otu_mat, step=100, lwd=2, ylab="OTU", label=F)

额外说明 #

如果之前调用正常，可能是当时使用的otu_table已经是样本行的格式，或是旧版本vegan对输入格式的兼容性更强。当前版本严格要求输入矩阵的行对应样本，因此必须调整格式。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者i.b