R中WGCNA包安装失败（非零退出状态）求助

问题描述 #

执行R代码：

install.packages('WGCNA')

出现警告：Warning in install.packages : installation of package ‘WGCNA’ had non-zero exit status，核心编译错误为：

networkFunctions.c: In function ‘tomSimilarityFromAdj’:
networkFunctions.c:260:31: error: expected ‘)’ before ‘FCONE’
  260 |            & beta, tom, nGenes FCONE FCONE);
      |                               ^~~~~~
      |                               )

成因分析 #

1. 版本不兼容：FCONE是R 4.0及以上版本才引入的编译宏，从安装路径能确认你当前使用的是R 3.6版本，而WGCNA 1.71版本已不再支持R 3.6这类旧版本，编译时无法识别FCONE宏，直接导致编译失败。
2. 日志中出现的“未使用变量”警告属于非致命提示，不会影响安装，无需关注。

解决办法 #

• 升级R版本（推荐）：将R升级到4.0及以上版本，之后重新执行install.packages('WGCNA')即可正常安装。
• 安装兼容旧版R的WGCNA：如果无法升级R，可选择安装1.70及之前的WGCNA版本。获取对应版本的源码包后，执行本地安装命令：

  install.packages("/本地路径/WGCNA_1.70.tar.gz", repos=NULL, type="source")
  

  注意需确保所有依赖包版本与R 3.6兼容。
• 确认系统编译环境：确保服务器已安装gcc、g++编译工具及R开发包（如R-devel），这是编译R源包的基础前提。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Ilya Putilin