百分比堆积柱状图：从Excel迁移至R的ggplot2实现

数据集情况 #

你的数据集没有问题，MM和FF列分别记录了每个巢箱中雄性、雌性寄生虫的数量，N.(Carnus)是对应巢箱的寄生虫总数，数据完整且逻辑自洽（比如巢箱5(b)的MM=1、FF=2，总数3，和你描述的一致）。

代码问题及修正方案 #

你的代码主要问题在于数据格式不符合ggplot的要求，以及aes映射、图层调用的错误，具体修正步骤如下：

1. 转换数据为长格式 #

ggplot绘制分组堆积图需要长格式数据（把MM、FF合并为一个"性别"列，数量合并为一个"计数"列），可以用tidyr::pivot_longer完成转换：

# 先加载tidyverse包（包含ggplot2和tidyr）
library(tidyverse)

# 转换数据格式
broods_long <- broods_2020 %>%
  pivot_longer(cols = c(MM, FF), 
               names_to = "Sex", 
               values_to = "Count")

2. 正确绘制百分比堆积柱状图 #

修正后的代码去掉了重复的图层，正确设置了aes映射和颜色，调整了主题：

ggplot(broods_long, aes(x = `Nest-box.number.(x.brood)`, y = Count, fill = Sex)) +
  geom_bar(position = "fill", stat = "identity") +
  # 自定义颜色：MM设为蓝色，FF设为红色
  scale_fill_manual(values = c("MM" = "#290DFB", "FF" = "#FF0000")) +
  scale_y_continuous(labels = scales::percent_format(accuracy = 1)) +
  labs(x = "Nest box", 
       y = "Collected Carnus hemapterus (%)", 
       title = "2020 - PARASITE SEX RATIO (per brood)") +
  theme(
    axis.line = element_line(colour = 'black', size = 0.5),
    title = element_text(face = "plain", size = 12),
    plot.title = element_text(hjust = 0.5, vjust = 2),
    axis.text.x = element_text(angle = 45, hjust = 1),
    panel.background = element_blank()
  )

关键修正点说明 #

• 不再用data$column的方式在aes里引用变量，直接使用列名，符合ggplot的语法规范。
• fill映射的是新生成的Sex列（MM/FF），而不是原来的总数列，这样才能按性别区分填充色。
• 使用position = "fill"让柱状图按百分比堆积，自动计算每个性别在巢箱中的占比。
• 用scale_fill_manual统一设置MM和FF的颜色，避免图层调用错误。
• 合并了重复的theme设置，让代码更简洁。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Devon