批量处理ENSG前缀文件时awk脚本无输出问题求助

你的循环脚本没有输出的核心原因：awk命令未指定要处理的输入文件。原脚本里的awk一直在等待标准输入，根本没有读取目标文件$i，自然不会生成任何输出内容。

修正后的脚本如下：

#!/bin/bash
#PBS -N Edit
#PBS -l walltime=01:00:00
#PBS -l nodes=1:ppn=8
#PBS -l vmem=10gb
#PBS -m bea

for i in ENSG00000*; do
    # 给awk指定输入文件$i，同时给文件名加双引号避免空格等特殊字符问题
    awk '{ gsub(/"/, ""); print }' "$i" > "$i.out"
done

额外优化建议：

• 可以用更简洁的awk写法实现相同效果：awk -F\" '{ $1=$1 } 1' "$i" > "$i.out"，原理是把双引号设为字段分隔符，重新拼接字段时会自动去除所有引号
• 如果担心误覆盖已存在的.out文件，可添加判断逻辑：if [ ! -f "$i.out" ]; then awk '{ gsub(/"/, ""); print }' "$i" > "$i.out"; fi

内容的提问来源于stack exchange，提问作者HKJ3