R语言重复测量ANOVA报错：attempt to apply non-function问题排查

问题背景 #

我希望研究肝脏与其他器官的PUFA生化参数是否存在差异，实验为组内设计（每个个体均采集相同组器官样本），样本量2130，QQ图显示数据符合正态性。我用lapply循环对每个PUFA参数调用anova_test执行重复测量单因素ANOVA，代码如下：

lapply(levels(leber_new$PUFA)[-4], function(x)
  droplevels(na.omit(leber_new[leber_new$PUFA==x,c("ID","PUFA","organ","sub_group.x","isotopic_value")])) %>% 
    anova_test(dv = isotopic_value, wid = ID,
               within = c(organ)))

运行后报错：

Error in app$vspace(new_style$`margin-top` %||% 0) : 
  attempt to apply non-function
Called from: clii__container_start(app, "span", class = funname)

问题排查与解决 #

这个报错大概率是rstatix包的anova_test在批量循环输出时，和控制台的格式化渲染机制冲突导致的，不是代码逻辑问题，解决思路如下：

• 跳过控制台渲染，提取纯结果表
  anova_test默认会输出带格式的可视化结果（依赖cli包渲染），批量循环时这种渲染会出问题。可以在循环里用get_anova_table()提取纯数据框格式的结果，避开渲染步骤：

library(rstatix)
lapply(levels(leber_new$PUFA)[-4], function(x) {
  # 预处理单PUFA参数的数据集
  temp_data <- droplevels(na.omit(leber_new[leber_new$PUFA==x,c("ID","PUFA","organ","sub_group.x","isotopic_value")]))
  # 执行ANOVA并提取结构化结果
  anova_res <- anova_test(data = temp_data, dv = isotopic_value, wid = ID, within = organ)
  get_anova_table(anova_res)
})

• 检查包版本兼容性
  如果还是报错，可能是rstatix或cli包的版本不兼容，尝试更新到最新版：

update.packages(c("rstatix", "cli"))

• 先单组调试，再扩展循环
  可以先单独跑某一个PUFA参数的代码，确认单组分析正常，再扩展到循环：

# 测试第一个PUFA参数的分析逻辑
test_x <- levels(leber_new$PUFA)[-4][1]
temp_data <- droplevels(na.omit(leber_new[leber_new$PUFA==test_x,c("ID","PUFA","organ","sub_group.x","isotopic_value")]))
anova_test(data = temp_data, dv = isotopic_value, wid = ID, within = organ)

如果单组运行正常，那就是批量渲染的问题，用第一种方法解决即可。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Nadiine El Nino