使用Julia的PhyloPlots绘图时遇R_X11.so加载失败问题求助

1. 补全系统与R的依赖库 #

• 先重新编译安装R的grDevices包，确保它关联正确的底层库：
  打开R终端执行：

  install.packages("grDevices", type = "source")
  

• 检查系统端的开发包是否齐全：
  Debian/Ubuntu系统执行：

  sudo apt-get install libcairo2-dev libx11-dev libxt-dev
  

  CentOS/RHEL系统执行：

  sudo yum install cairo-devel libX11-devel libXt-devel
  

2. 重新编译自定义安装的R-4.0.0 #

你用的是自定义路径的R，大概率是编译时没正确关联X11和cairo：

• 下载R-4.0.0源码包，解压后执行以下命令重新编译安装：

  ./configure --prefix=/home/liao/R-4.0.0 --with-x --with-cairo
  make clean
  make
  make install
  

  注意观察配置过程的输出，确保提示“found X11”和“found cairo”，没有报错信息。

3. 校准Julia的RCall环境 #

• 在Julia里确认RCall指向的R路径是否正确：

  using RCall
  RCall.Rhome()
  

  如果输出不是/home/liao/R-4.0.0，手动设置环境变量后再加载RCall：

  ENV["R_HOME"] = "/home/liao/R-4.0.0"
  using RCall
  

• 直接在RCall里测试加载grDevices：

  R"library(grDevices)"
  

  要是还报错，看具体的未定义符号（比如XOpenDisplay），说明R编译时确实没链接上X11，回到步骤2重新编译。

4. 切换PhyloPlots的绘图后端 #

如果前面的方法都走不通，换个不需要依赖R的后端试试：

using PhyloPlots, PlotlyJS
plot(astraltree, backend=PlotlyJS)

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Pei-Wei Sun