在R中使用循环生成ggplot图形，无法查看及保存的问题

你在R中用循环生成多张ggplot图形后，发现这些图形没出现在工作环境里，没法后续展示或修改。你的示例代码如下：

db = data.frame(exposure = sample(1:100, 100),
                   exposure2 = sample(-90:100,100),
                   outcome = sample(200:1000,100))

exposure_vector = c("exposure","exposure2")
exposure_title = c("Pesticide","Apple")
for (i in 1:length(exposure_vector)) {
  current_exposure = db[[exposure_vector[i]]]
  title = exposure_title[i]
  graph_name = paste0(title,"_","Graph")
  graph_name=ggplot(db,aes(x=current_exposure,y=outcome))+geom_smooth()+
    theme_bw()+ylab("outcome")+xlab("exposure")+ggtitle(title)
  print(graph_name)
}

原因分析 #

• 循环里每次把ggplot对象赋值给graph_name变量，每次循环都会覆盖这个变量，循环结束后环境里只会剩下最后一张图的对象。
• 一开始把graph_name设为字符串（比如"Pesticide_Graph"），紧接着又把它赋值为ggplot对象，这步操作完全没用——字符串变量直接被覆盖，并没有把ggplot对象以这个字符串为名字保存到环境中。

解决方法 #

方法1：将图形保存到列表中（推荐） #

把所有ggplot对象存入一个列表，后续可以通过列表索引调用任意图形，这是R中批量处理对象的标准做法：

library(ggplot2)

db = data.frame(exposure = sample(1:100, 100),
                   exposure2 = sample(-90:100,100),
                   outcome = sample(200:1000,100))

exposure_vector = c("exposure","exposure2")
exposure_title = c("Pesticide","Apple")

# 创建空列表用于存储图形
graph_list = list()

for (i in 1:length(exposure_vector)) {
  current_exposure = db[[exposure_vector[i]]]
  title = exposure_title[i]
  # 生成图形并存入列表
  graph_list[[i]] = ggplot(db,aes(x=current_exposure,y=outcome))+
    geom_smooth()+
    theme_bw()+
    ylab("outcome")+
    xlab("exposure")+
    ggtitle(title)
  # 打印图形
  print(graph_list[[i]])
}

# 后续调用示例：展示第一张图
graph_list[[1]]
# 修改第二张图
graph_list[[2]] + theme(axis.text = element_text(size=12))

方法2：动态创建环境中的独立变量（不推荐） #

如果你一定要让每个图形以独立变量名出现在环境中，可以用assign()函数把ggplot对象绑定到指定变量名上：

library(ggplot2)

db = data.frame(exposure = sample(1:100, 100),
                   exposure2 = sample(-90:100,100),
                   outcome = sample(200:1000,100))

exposure_vector = c("exposure","exposure2")
exposure_title = c("Pesticide","Apple")

for (i in 1:length(exposure_vector)) {
  current_exposure = db[[exposure_vector[i]]]
  title = exposure_title[i]
  graph_name = paste0(title,"_","Graph")
  # 生成图形并赋值到指定变量名
  assign(graph_name, 
         ggplot(db,aes(x=current_exposure,y=outcome))+
           geom_smooth()+
           theme_bw()+
           ylab("outcome")+
           xlab("exposure")+
           ggtitle(title))
  # 打印图形
  print(get(graph_name))
}

# 后续直接调用变量名即可
Pesticide_Graph
Apple_Graph

注意：这种动态创建变量的方式会让工作环境变得混乱，不利于代码维护，优先推荐用列表存储。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Sari Katish