Nextflow解压gz文件报错：not a regular file 技术求助

数据老陈

2026-8-10

问题排查与解决方案

你的Nextflow脚本出现gunzip: SRR1659960_05pc_R1.fastq.gz is not a regular file错误，核心原因是gunzip命令参数冲突+输出变量未正确引用，具体修正如下：

错误分析

gunzip参数冲突：原脚本同时使用-kd和重定向>，-d会让gunzip直接生成去掉.gz后缀的解压文件，而重定向又要求gunzip输出到指定文件，两者行为冲突导致gunzip无法正确识别输入文件。
输出变量未引用：脚本里的"fastq_r1_path.fastq"是硬编码字符串，不是Nextflow定义的输出变量fastq_r1_path，导致Nextflow无法追踪输出文件，同时命令逻辑混乱。

修正后的脚本（两种可选方案）

方案一：直接用gunzip保留原文件解压

利用-k参数保留压缩文件，自动生成对应解压文件名：

process gz_uncompress{
    input:
        path fastq_r1_gz_path
    output:
        path "${fastq_r1_gz_path.baseName}"  // 自动获取去掉.gz的文件名
    script:
    """
    gunzip -k $fastq_r1_gz_path
    """
}

workflow{
    gz_uncompress("/Users/test/PycharmProjects/nf-easyfuse/local_test/SRR1659960_05pc_R1.fastq.gz")
}

方案二：用重定向指定输出文件名

用-c参数让gunzip输出到标准输出，再重定向到指定文件：

process gz_uncompress{
    input:
        path fastq_r1_gz_path
    output:
        path fastq_r1_path
    script:
    fastq_r1_path = "${fastq_r1_gz_path.baseName}"  // 定义输出文件名变量
    """
    gunzip -c $fastq_r1_gz_path > $fastq_r1_path
    """
}

workflow{
    gz_uncompress("/Users/test/PycharmProjects/nf-easyfuse/local_test/SRR1659960_05pc_R1.fastq.gz")
}