R版本4.0.2中edgeR包下载及加载失败问题求助

1. 检查R包安装路径与权限 #

• 执行.libPaths()查看当前R包安装目录，确认你拥有该目录的写入权限。若路径为系统级目录（如/usr/lib/R/library），可切换到个人目录安装：

  # 创建个人包存储目录（不存在则创建）
  dir.create("~/R/library", recursive = TRUE)
  # 设置默认安装路径为个人目录
  .libPaths("~/R/library")
  

2. 重新安装依赖包locfit #

直接通过CRAN源安装，同时强制安装所有依赖：

# 切换国内CRAN镜像提升安装成功率
options(repos = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
install.packages("locfit", dependencies = TRUE)

3. 重新安装edgeR #

确认locfit安装成功后，强制重新安装edgeR并补全依赖：

BiocManager::install("edgeR", dependencies = TRUE, force = TRUE)

4. 验证安装有效性 #

执行以下代码确认包加载及函数可用：

library(locfit)
library(edgeR)
# 测试DGEList函数
test_counts <- matrix(rpois(100, 10), ncol=4)
test_samples <- data.frame(group=rep(c("A","B"), each=2))
dge <- DGEList(counts=test_counts, samples=test_samples)
print(dge)

5. 处理R版本兼容警告 #

提示package ‘edgeR’ was built under R version 4.0.3仅为版本兼容警告，不影响核心功能使用。若需消除警告，可升级R至4.0.3及以上版本。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Janie Olver