R中负二项模型Scale-Location图残差类型修改问题求助

原因分析 #

你遇到的差异大概率是R或MASS包版本差异导致的。早期版本中，针对负二项模型（glm.nb输出的对象）的scale-location图默认使用标准化Pearson残差的平方根，但后续版本将默认残差类型改为了Deviance残差，这就导致相同代码在不同环境下输出不同结果。

而plot.lm的参数里确实没有直接指定残差类型的选项——因为glm.nb返回的是negbin类对象，它的绘图方法继承自plot.glm，但该方法并未开放残差类型的参数入口。

简便解决方法：手动绘制Scale-Location图 #

直接绕过默认绘图函数，手动计算并绘制所需的图，步骤如下：

1. 提取模型拟合值与标准化Pearson残差：

# 假设你的负二项模型对象是glm.out
fitted_vals <- fitted(glm.out)
# 计算标准化Pearson残差的绝对值平方根
sqrt_pearson <- sqrt(abs(rstandard(glm.out, type = "pearson")))

2. 绘制基础散点图并添加拟合线：

plot(fitted_vals, sqrt_pearson,
     xlab = "Fitted values",
     ylab = expression(sqrt("|Standardized Pearson residuals|")),
     main = "Scale-Location Plot")
# 添加lowess拟合线（和默认plot函数的风格一致）
lines(lowess(fitted_vals, sqrt_pearson), col = "darkred", lwd = 2)

这样就能得到和你朋友一致的、基于标准化Pearson残差的scale-location图。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Daniel O'Loan