使用Pilon校正基因组时遇报错：align.bam需为索引化BAM

Pilon要求输入的BAM文件必须是已建立索引的，你当前生成的align.bam仅完成了排序操作，缺少索引文件，因此触发报错。

解决步骤：

• 为已排序的BAM文件创建索引：

  samtools index align.bam
  

  执行后会自动生成对应的align.bam.bai索引文件。
• 重新运行Pilon校正命令：

  pilon --genome flye_corrected_DG_1/assembly_DG_1.fasta --bam align.bam
  

也可以将排序和索引步骤合并为一条命令，一次性完成：

bwa mem -pt16 assembly_DG_1.fasta DG_1_R1_001_val_1.fq.gz DG_1_R2_001_val_2.fq.gz | samtools sort -m4G -@4 -o align.bam - && samtools index align.bam

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Giffredo