Metamap执行报错‘fgets: No such file or directory’的排查求助

可能原因及解决步骤 #

• 检查配置文件路径匹配性
  打开public_mm目录下的配置文件（如config.txt或metamaprc），核对其中定义的路径是否适配本地环境。比如原服务器的/data/metamap/public_mm/路径，需要替换为当前public_mm的实际绝对路径，重点确认Berkeley DB、词典文件的配置路径。
• 验证依赖文件完整性
  • 检查DB目录下是否存在DB.USAbase.2016AA.strict系列文件，包括varsan表对应的数据库文件；
  • 给bin目录下的所有工具添加执行权限：chmod +x ./bin/*；
  • 确认data目录及其中的术语、词典文件完整，路径配置指向正确。
• 设置必要环境变量
  临时设置环境变量后重新测试：

  export METAMAP_HOME=/你的public_mm绝对路径
  export MM_DATA_DIR=$METAMAP_HOME/DB
  

• 排查输入方式问题
  先直接运行./bin/metamap -I，手动输入lung cancer回车测试。如果手动输入正常，换用文件输入验证：

  echo "lung cancer" > test.txt
  ./bin/metamap -I test.txt
  

• 核对Berkeley DB版本
  确认本地Ubuntu安装的Berkeley DB版本为4.8（Metamap 2016AA的兼容版本），版本不兼容会导致数据库读取失败，触发fgets报错。

预期正常输出 #

Berkeley DB databases (USAbase 2016AA strict model) are open.
Static variants will come from table varsan in /data/metamap/public_mm/DB/DB.USAbase.2016AA.strict.
Derivational Variants: Adj/noun ONLY.
Variant generation mode: static.
Established connection $stream(139692534873008) to TAGGER Server on localhost.

metamap16.BINARY.Linux (2016)

Control options:
composite_phrases=4
lexicon=db
mm_data_year=2016AA
show_cuis
Processing 00000000.tx.1: lung cancer

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Callie Deas