AWS EC2实例中通过Conda YAML创建环境时进程挂起求助

在AWS EC2 Linux实例上执行以下操作时，通过导出的YAML文件重建Conda环境会无报错挂起，最终超时被终止：

conda create -n myenv python=3.10.4  
conda activate myenv   
conda list     # 输出见下文
conda env export > newenv.yml   # YAML文件内容见下文，此步骤正常
conda deactivate
conda env create -n newenv --f newenv.yml  # 此处挂起/冻结
# 输出：
# Collecting package metadata (repodata.json): -    
# Collecting package metadata (repodata.json): - Killed   # 约5分钟后

已尝试的操作：

• 删除原环境后同名重建
• 确认anaconda3/envs文件夹权限为775，创建环境无权限问题
• 更新、清理、重新初始化Conda
• 多次重启EC2实例

Conda list输出 #

(myenv) [ec2-user@ip-172-31-93-141 ~]$ conda list
# packages in environment at /home/ec2-user/anaconda3/envs/myenv:
#
# Name                    Version                   Build  Channel
_libgcc_mutex             0.1                 conda_forge    conda-forge
_openmp_mutex             4.5                       2_gnu    conda-forge
bzip2                     1.0.8                h7f98852_4    conda-forge
ca-certificates           2022.9.24            ha878542_0    conda-forge
ld_impl_linux-64          2.39                 hcc3a1bd_1    conda-forge
libffi                    3.3                  h58526e2_2    conda-forge
libgcc-ng                 12.2.0              h65d4601_19    conda-forge
libgomp                   12.2.0              h65d4601_19    conda-forge
libsqlite                 3.40.0               h753d276_0    conda-forge
libstdcxx-ng              12.2.0              h46fd767_19    conda-forge
libuuid                   1.41.5               h5eee18b_0
libzlib                   1.2.13               h166bdaf_4    conda-forge
ncurses                   6.3                  h27087fc_1    conda-forge
openssl                   1.1.1s               h0b41bf4_1    conda-forge
pip                       22.3.1             pyhd8ed1ab_0    conda-forge
python                    3.10.4               h12debd9_0
readline                  8.1.2                h0f457ee_0    conda-forge
setuptools                65.5.1             pyhd8ed1ab_0    conda-forge
sqlite                    3.40.0               h4ff8645_0    conda-forge
tk                        8.6.12               h27826a3_0    conda-forge
tzdata                    2022g                h191b570_0    conda-forge
wheel                     0.38.4             pyhd8ed1ab_0    conda-forge
xz                        5.2.6                h166bdaf_0    conda-forge
zlib                      1.2.13               h166bdaf_4    conda-forge

YAML文件内容 #

name: myenv
channels:
  - conda-forge
  - defaults
dependencies:
  - _libgcc_mutex=0.1=conda_forge
  - _openmp_mutex=4.5=2_gnu
  - bzip2=1.0.8=h7f98852_4
  - ca-certificates=2022.9.24=ha878542_0
  - ld_impl_linux-64=2.39=hcc3a1bd_1
  - libffi=3.3=h58526e2_2
  - libgcc-ng=12.2.0=h65d4601_19
  - libgomp=12.2.0=h65d4601_19
  - libsqlite=3.40.0=h753d276_0
  - libstdcxx-ng=12.2.0=h46fd767_19
  - libuuid=1.41.5=h5eee18b_0
  - libzlib=1.2.13=h166bdaf_4
  - ncurses=6.3=h27087fc_1
  - openssl=1.1.1s=h0b41bf4_1
  - pip=22.3.1=pyhd8ed1ab_0
  - python=3.10.4=h12debd9_0
  - readline=8.1.2=h0f457ee_0
  - setuptools=65.5.1=pyhd8ed1ab_0
  - sqlite=3.40.0=h4ff8645_0
  - tk=8.6.12=h27826a3_0
  - tzdata=2022g=h191b570_0
  - wheel=0.38.4=pyhd8ed1ab_0
  - xz=5.2.6=h166bdaf_0
  - zlib=1.2.13=h166bdaf_4
prefix: /home/ec2-user/anaconda3/envs/myenv

• 精简YAML文件：导出的YAML包含大量底层依赖，部分依赖可能存在源访问或版本冲突问题。可先保留核心依赖（如仅python=3.10.4），让Conda自动解决其他依赖，再逐步添加所需包。修改后的YAML示例：

  name: newenv
  channels:
    - conda-forge
    - defaults
  dependencies:
    - python=3.10.4
  

• 切换镜像源加速：EC2实例访问默认Conda源可能较慢，可在创建命令中直接指定国内镜像源：

  conda env create -n newenv --file newenv.yml -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/ -c https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
  

  也可修改~/.condarc配置文件永久替换为国内源：

  channels:
    - defaults
  show_channel_urls: true
  default_channels:
    - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
    - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r
    - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2
  custom_channels:
    conda-forge: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
    msys2: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
    bioconda: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  

• 检查实例内存资源："Killed"提示大概率是实例内存不足导致进程被终止。执行free -h查看内存使用情况，若内存不足，升级EC2实例规格（如t2.medium及以上）。

• 跳过依赖检查（谨慎使用）：使用--no-deps参数跳过依赖检查直接安装指定包，但可能导致环境缺失必要依赖：

  conda env create -n newenv --file newenv.yml --no-deps
  

• 清理Conda缓存：缓存的repodata可能损坏，执行以下命令清理后重试：

  conda clean --all -y
  

内容的提问来源于stack exchange，提问作者KXO2022