seaborn clustermap报错：已安装Scipy仍提示需其可用

问题描述 #

已在venv虚拟环境中安装并导入scipy，但运行seaborn的clustermap函数时仍报错，提示需要scipy环境。

运行代码：

import seaborn as sn
import scipy
sn.clustermap(data)

错误信息：

venv\lib\site-packages\seaborn\matrix.py:1250, in clustermap(data, pivot_kws, method, metric, z_score, standard_scale, figsize, cbar_kws, row_cluster, col_cluster, row_linkage, col_linkage, row_colors, col_colors, mask, dendrogram_ratio, colors_ratio, cbar_pos, tree_kws, **kwargs)
   1157 """
   1158 Plot a matrix dataset as a hierarchically-clustered heatmap.
   1159 
   (...)
   1247 
   1248 """
   1249 if _no_scipy:
-> 1250     raise RuntimeError("clustermap requires scipy to be available")
   1252 plotter = ClusterGrid(data, pivot_kws=pivot_kws, figsize=figsize,
   1253                       row_colors=row_colors, col_colors=col_colors,
   1254                       z_score=z_score, standard_scale=standard_scale,
   1255                       mask=mask, dendrogram_ratio=dendrogram_ratio,
   1256                       colors_ratio=colors_ratio, cbar_pos=cbar_pos)
   1258 return plotter.plot(metric=metric, method=method,
   1259                     colorbar_kws=cbar_kws,
   1260                     row_cluster=row_cluster, col_cluster=col_cluster,
   1261                     row_linkage=row_linkage, col_linkage=col_linkage,
   1262                     tree_kws=tree_kws, **kwargs)

RuntimeError: clustermap requires scipy to be available

排查与解决步骤 #

• 确认Notebook使用的虚拟环境
  Notebook可能默认使用全局Python环境而非你的venv。运行以下代码检查当前环境路径：

  import sys
  print(sys.executable)
  

  正常输出应为venv\Scripts\python.exe（Windows）或venv/bin/python（Linux/macOS）。若不符，需切换Notebook内核到目标虚拟环境。

• 重新安装scipy到正确环境
  激活venv后执行安装命令：

  • Windows：

    venv\Scripts\activate
    pip install scipy
    

  • Linux/macOS：

    source venv/bin/activate
    pip install scipy
    

• 检查版本兼容性
  部分旧版seaborn对scipy版本有要求，查看当前版本：

  import seaborn as sn
  import scipy
  print("seaborn版本:", sn.__version__)
  print("scipy版本:", scipy.__version__)
  

  若版本不兼容，升级对应包：

  pip install --upgrade seaborn scipy
  

• 验证scipy核心模块可用性
  seaborn的clustermap依赖scipy.cluster.hierarchy，手动测试导入：

  try:
      from scipy.cluster import hierarchy
      print("scipy.cluster.hierarchy导入成功")
  except ImportError as e:
      print("导入失败:", e)
  

  若导入失败，说明scipy安装不完整，需重新安装，或解决系统层面的编译依赖缺失问题。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者SzymonO