如何为5777阶方阵添加行列名？现有代码无报错但失效

我有一个5777×5777的方阵，数据预览如下：

head(data)
1.3 4.5 6 7 8.9 0 7.6
4.5 6.7 8 9 0.1 8 7.2
4.5 6 7 8.9 0.1 8 8.3
6.7 8 9 0.1 7.9 6.0 5
2.4 6.7 8 3 0.1 8 7.4 
8 9 0.1 7.9 6.0 5 5.6

想要为该矩阵添加行列名，这些名称存储在一个包含5777行的文本文件中，文件预览如下：

head(file.txt)

A1
B2
C3
D4
E5
F6
G7

期望添加后的矩阵格式如下：

A1 B2 C3 D4 E5 F6 G7
B2 1.3 4.5 6 7 8.9 0 7.6
C3 4.5 6.7 8 9 0.1 8 7.2
D4 4.5 6 7 8.9 0.1 8 8.3
E5 6.7 8 9 0.1 7.9 6.0 5
F6 2.4 6.7 8 3 0.1 8 7.4 
G7 8 9 0.1 7.9 6.0 5 5.6

尝试了以下代码，无报错但输出未添加任何行列名：

#read in row names and column names  
header <- read.table("file.txt")

#read in matrix
data <- read.table("armlympho_matrix.ld")

#set the row names and column names in matrix 
rownames(data) <- header[[1]]
colnames(data) <- header[[1]]
 
write.table(data, '/data/genome/h8/matrix_withheader.ld', row.names=FALSE, quote=FALSE)

1. write.table中设置了row.names=FALSE，直接屏蔽了行名的输出
2. 读取file.txt时，开头的空行会被读入为无效值，干扰行列名的正常绑定
3. 默认列名输出格式和期望的结构不匹配

方案1：完全匹配期望格式 #

手动拼接输出内容，确保第一行无额外空格：

# 读取行列名，过滤空行
header <- readLines("file.txt")
header <- header[nchar(header) > 0]

# 读取矩阵数据
data <- read.table("armlympho_matrix.ld")

# 绑定行列名
rownames(data) <- header
colnames(data) <- header

# 构建输出内容：先写列名行，再写每行的行名+数据
output_content <- c(
  paste(colnames(data), collapse = " "),
  apply(cbind(rownames(data), data), 1, paste, collapse = " ")
)

# 写入文件
writeLines(output_content, "/data/genome/h8/matrix_withheader.ld")

方案2：使用write.table快速输出（第一行开头含空格） #

如果可以接受第一行开头有一个空格，用以下代码更简洁：

# 读取行列名，跳过开头空行
header <- read.table("file.txt", stringsAsFactors = FALSE, skip = 1)[[1]]

# 读取矩阵
data <- read.table("armlympho_matrix.ld")

# 设置行列名
rownames(data) <- header
colnames(data) <- header

# 输出：row.names=TRUE保留行名，col.names=NA让列名对应行名位置留空
write.table(data, "/data/genome/h8/matrix_withheader.ld", 
            row.names = TRUE, col.names = NA, 
            quote = FALSE, sep = " ")

内容的提问来源于stack exchange，提问作者HKJ3