如何用Linux终端for循环将.bracken文件转为.xlsx并存入指定文件夹

步骤1：创建目标文件夹 #

先确保存放输出文件的文件夹存在，执行以下命令：

mkdir -p bracken_excel_files

-p 参数的作用是：如果文件夹不存在则创建，若已存在则不会报错，避免执行失败。

步骤2：编写循环批量处理文件 #

执行以下循环命令，就能自动遍历当前目录下所有 .bracken 文件，转换后输出到指定文件夹：

for file in *.bracken; do
    # 提取不带.bracken后缀的文件名
    base_name="${file%.bracken}"
    # 复制文件内容到目标目录的xlsx文件中
    cat "$file" > "bracken_excel_files/${base_name}_genus_bracken.xlsx"
done

命令说明 #

• for file in *.bracken：遍历当前目录下所有后缀为 .bracken 的文件
• ${file%.bracken}：通过Shell参数扩展移除文件名末尾的 .bracken 后缀，比如 MG-ABCD12345-0.genus.bracken 会被处理为 MG-ABCD12345-0.genus
• cat "$file" > "bracken_excel_files/${base_name}_genus_bracken.xlsx"：将原文件内容写入目标文件夹下的对应xlsx文件，保证输出路径正确

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Martin