求助：在R中为同一数据集的两个变量添加自定义图例失败

你的代码没法生成自定义图例的核心原因是：没有把颜色设置成ggplot能识别的映射关系。

你现在是直接在geom_point里把color设为固定值（"black"、"red"），这属于硬编码样式，ggplot不会为这种固定值生成图例；而scale_colour_manual是用来配合aes()里的颜色映射使用的，没有对应的映射时，这个设置自然不会生效。

正确的修改步骤： #

1. 把数据转成长格式（tidy data）
   ggplot更适合处理长格式数据，你需要把y1和y2合并成一列，同时新增一个分组列区分两组数据。可以用tidyr::pivot_longer来实现：

   library(tidyr)
   combo_plot_long <- pivot_longer(combo_plot, 
                                  cols = c(y1, y2), 
                                  names_to = "group", 
                                  values_to = "y")
   

2. 修改ggplot代码，建立颜色映射
   把color放到aes()里，映射到新的分组列，然后用scale_colour_manual自定义颜色和标签：

   ggplot(combo_plot_long, aes(x = x, y = y, color = group)) +
     geom_point(size = 2) +
     coord_cartesian(xlim = c(0,1.25), ylim = c(200,450)) + 
     scale_x_continuous(breaks = seq(0,1.25,0.25), minor_breaks = seq(0,1.5,0.25), expand = c(0, 0)) +
     scale_y_continuous(breaks = seq(200,450,25), minor_breaks = seq(200,450,25), expand = c(0, 0)) +
     scale_colour_manual(name = "分组", 
                         values = c("y1" = "black", "y2" = "red"), 
                         labels = c("c2", "c1")) +
     theme(plot.title = element_text(family = "GE Inspira", color="#666666", face="bold", size=16, hjust=0.5)) +
     theme(axis.title = element_text(family = "GE Inspira", color="#666666", face="bold", size=12, hjust=0.5))
   

补充说明： #

如果不想转换数据格式，也可以在每个geom_point的aes()里手动指定分组映射，比如：

ggplot(combo_plot, aes(x)) +
  geom_point(aes(y = y1, color = "c2"), size = 2) +
  geom_point(aes(y = y2, color = "c1"), size = 2) +
  coord_cartesian(xlim = c(0,1.25), ylim = c(200,450)) + 
  scale_x_continuous(breaks = seq(0,1.25,0.25), minor_breaks = seq(0,1.5,0.25), expand = c(0, 0)) +
  scale_y_continuous(breaks = seq(200,450,25), minor_breaks = seq(200,450,25), expand = c(0, 0)) +
  scale_colour_manual(name = "分组", 
                      values = c("c2" = "black", "c1" = "red")) +
  theme(plot.title = element_text(family = "GE Inspira", color="#666666", face="bold", size=16, hjust=0.5)) +
  theme(axis.title = element_text(family = "GE Inspira", color="#666666", face="bold", size=12, hjust=0.5))

这种方式不用改数据，但本质还是把颜色和分组标签建立了映射关系，这样scale_colour_manual才能生效生成图例。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者nemox007