Kruskal-Wallis显著后运行DunnTest报错：条件长度大于1，求解决

问题原因 #

报错Error in if (tmp$Eclass != "factor") { : the condition has length > 1是因为你的group变量是有序因子（ordered factor），FSA::dunnTest在检查变量类型时，class(mast_cells$group)会返回c("ordered", "factor")，导致判断条件的向量长度大于1，触发错误。

解决方案 #

将有序因子转换为普通因子后，再运行dunnTest：

# 转换为普通因子，保留原有水平顺序
mast_cells$group <- factor(mast_cells$group, levels = c("1", "2", "3", "4"))

# 重新运行Dunn检验
library(FSA)
dunnTest(score ~ group,
         data = mast_cells,
         method="Benjamini-Yekuteili")

验证结果 #

转换后函数可正常执行，输出组间两两比较的校正后p值，满足多重比较的需求。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者ghs101