如何修改Alluvial Diagram流向颜色并自定义调色板？

1. 自定义调色板的命令 #

当然有，在ggplot2生态中，最灵活的自定义填充颜色方式是使用scale_fill_manual()，它允许你手动指定每个分类变量对应的颜色。此外也可以用scale_fill_viridis_d()（离散型）、scale_fill_gradient()（连续型）等函数实现半自定义调色，但scale_fill_manual()完全可控，最适合你的场景。

2. 针对你的ggalluvial代码修改方案 #

首先注意你的代码里有个小问题：绘图时用了df.2，但前面数据处理的对象是df，需要先修正这个笔误。然后替换原来的scale_fill_brewer()为scale_fill_manual()，指定每个status水平对应的颜色即可自定义流向（冲积）的颜色。

修改后的完整代码：

library(ggalluvial)
library(ggplot2)
library(dplyr)

df <- data.frame(status = c("open", "close", "close", "open/close", "close"), 
                 stock = c("google", "amazon", "amazon", "yahoo", "amazon"), 
                 newspaper = c("times", "newyork", "london", "times", "times"))

# 统计每个冲积的出现次数
df <- df %>% dplyr::group_by(stock, newspaper, status) %>% 
  summarise(n = n(), .groups = "drop")  # 加上.groups避免dplyr警告

# 定义因子水平
df$status <- factor(df$status, levels = c("open", "open/close", "close"))
df$stock <- factor(df$stock, levels = c("google", "amazon", "yahoo"))
df$newspaper <- factor(df$newspaper, levels = c("times", "newyork", "london"))

# 绘制冲积图，自定义流向颜色
ggplot2::ggplot(df, aes(y = n, axis1 = stock, axis2 = newspaper)) +
  ggalluvial::geom_alluvium(aes(fill = status), width = 1/12) +
  ggalluvial::geom_stratum(width = 1/12, fill = "black", color = "grey") +
  ggplot2::geom_label(stat = "stratum", aes(label = after_stat(stratum))) +
  ggplot2::scale_x_discrete(limits = c("stock", "newspaper"), expand = c(.05, .05)) +
  # 自定义颜色映射：对应status的每个因子水平
  ggplot2::scale_fill_manual(values = c(
    "open" = "#1f77b4",       # 蓝色
    "open/close" = "#ff7f0e", # 橙色
    "close" = "#2ca02c"       # 绿色
  ))

关键说明 #

• scale_fill_manual()的values参数需要传入一个命名向量，名称对应你的分类变量（这里是status）的每个水平，值是你想要的颜色（可以是十六进制码、颜色名称如"red"、RGB值等）。
• 如果你想使用现成的调色板但手动选择颜色，也可以用RColorBrewer::brewer.pal()提取颜色，比如values = RColorBrewer::brewer.pal(3, "Set2")，但要确保颜色数量和分类水平数一致。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Erik Brole