使用awk或sed替换FASTA文件头部末尾的指定字符

下面提供两种bash环境下的实现方式，均仅修改以>开头的FASTA头部行，序列部分保持不变：

使用awk #

利用awk的sub函数匹配并替换头部行末尾的C，同时保留所有行的输出：

awk '/^>/ {sub(/C$/, "+", $0)} 1' input.fasta > output.fasta

• /^>/：匹配所有以>开头的头部行
• sub(/C$/, "+", $0)：仅将当前行末尾的C替换为+（$0代表整行内容）
• 1：awk中非0值默认执行打印当前行的动作，保证序列行和修改后的头部行都能输出

使用sed #

通过sed的地址定位和替换操作实现需求：

sed '/^>/ s/C$/+/' input.fasta > output.fasta

• /^>/：定位所有以>开头的头部行
• s/C$/+/'：对匹配到的行执行替换，将行尾的C替换为+

如果需要直接修改原文件（注意：此操作不可逆，建议先备份原文件），可以给sed添加-i参数：

sed -i '/^>/ s/C$/+/' input.fasta

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Doda