Snakemake动态为各规则设置含规则名的日志文件报错求助

方案1：用内置变量直接生成（最省心） #

Snakemake自带{rule}变量，直接写在log指令里就能自动替换成当前规则名称，根本不用遍历修改：

logs_dir = config['logs_dir']

rule all:
    input: 'b'

rule myrule:
    input: 'a'
    output: 'b'
    log: os.path.join(logs_dir, "{rule}.log")
    shell:
        """
        cp {input} {output}
        """

所有规则都这么写就行，日志文件名自动变成规则名.log。

方案2：修复set_log的用法 #

非要用遍历修改的话，得解决几个坑：

• 跳过没定义log的规则：比如all规则默认没log，硬改会触发断言错误
• 对应log的键名：规则里定义的是dummy = 'dummy.log'，set_log就得传dummy=...，不能瞎用real这种不存在的键
• 遍历代码要放最后：得等所有规则都定义完再遍历workflow.rules

改完的代码示例：

rule all:
    input: 'b'

rule myrule:
    input: 'a'
    output: 'b'
    log: dummy = 'dummy.log'
    shell:
        """
        cp {input} {output}
        """

# 必须放在所有规则定义之后
for r in workflow.rules:
    if hasattr(r, 'log'):
        # 对应规则里的log键名dummy
        r.set_log(dummy=r.name + '.log')

方案3：批量创建规则时直接指定 #

如果是批量生成规则，创建的时候直接把log设置好：

logs_dir = config['logs_dir']
rule_names = ['rule1', 'rule2']

for name in rule_names:
    rule:
        name: name
        input: f'{name}_in.txt'
        output: f'{name}_out.txt'
        log: os.path.join(logs_dir, f'{name}.log')
        shell:
            """
            # 写你的命令逻辑
            """

内容的提问来源于stack exchange，提问作者soungalo