全新Ubuntu设备无法安装部分R包问题求助
问题描述
- 本人是无计算机背景的医生,此前在Windows笔记本上使用R进行生物信息分析无异常。科室新购Ubuntu 20.04笔记本,配置R环境时遇到包安装问题:
install.packages("tidyverse")可正常完成,但执行install.packages("devtools")时失败,报错显示缺失fontconfig、freetype2依赖,导致systemfonts、textshaping等依赖包安装终止。 - 已尝试修改Renviron文件中的R_LIBS_USER配置、用
chmod -R 777修改.libPaths()返回的四个目录权限、多次重装R和RStudio,均未解决问题。 - 当前sessionInfo()信息:
R version 4.2.2 Patched (2022-11-10 r83330) Platform: x86_64-pc-linux-gnu (64-bit) Running under: Ubuntu 20.04.5 LTS Matrix products: default BLAS: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/blas/libblas.so.3.9.0 LAPACK: /usr/lib/x86_64-linux-gnu/lapack/liblapack.so.3.9.0 locale: [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8 LC_NUMERIC=C LC_TIME=de_DE.UTF-8 LC_COLLATE=en_US.UTF-8 LC_MONETARY=de_DE.UTF-8 [6] LC_MESSAGES=en_US.UTF-8 LC_PAPER=de_DE.UTF-8 LC_NAME=C LC_ADDRESS=C LC_TELEPHONE=C [11] LC_MEASUREMENT=de_DE.UTF-8 LC_IDENTIFICATION=C attached base packages: [1] stats graphics grDevices utils datasets methods base loaded via a namespace (and not attached): [1] compiler_4.2.2 fastmap_1.1.0 cli_3.4.1 htmltools_0.5.4 tools_4.2.2 rstudioapi_0.14 yaml_2.3.6 rmarkdown_2.19 [9] knitr_1.41 xfun_0.35 digest_0.6.31 rlang_1.0.6 evaluate_0.19
解决方法
- 打开终端,先更新系统软件源并安装缺失的系统依赖包:
sudo apt update sudo apt install libfontconfig1-dev libfreetype6-dev - 完成后回到R/RStudio,重新执行devtools安装命令:
install.packages("devtools") - 如果安装过程中仍提示其他依赖缺失(比如libharfbuzz、libfribidi),可执行以下命令补充安装:
sudo apt install libharfbuzz-dev libfribidi-dev
内容的提问来源于stack exchange,提问作者Smeerlap
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