如何解决ggplot2条形图（barplot）中出现NA值的问题？

问题根源 #

你的df数据中，Condition列的"Down "值末尾带有空格，但绘图代码里factor(Condition, levels = c('Down','Up','ns'))指定的水平是无空格的'Down'，两者不匹配，导致所有带空格的"Down "被判定为无效水平，转换为NA，最终绘图时出现NA对应的异常区域。

解决方法 #

方案1：清理数据中的空格 #

先对Condition列做首尾空格清理，统一格式：

# 去除Condition列字符串首尾的空格
df$Condition <- trimws(df$Condition)

之后再运行原绘图代码即可正常显示。

方案2：修改levels匹配原始数据 #

如果不想修改原始数据，直接调整factor的levels参数，匹配带空格的"Down "：

ggplot(df,aes(fill = factor(Condition, levels = c('Down ','Up','ns')),
               y = Number.of.genes, x = Cancer.type)) + 
 geom_bar(position="stack", stat="identity")+theme_bw()+
 theme(axis.text.x = element_text(size = 10, angle = 45, hjust = 1, colour = 'black'))+
 scale_fill_manual(values=c("seagreen2", "deepskyblue3",'goldenrod1'))+
 labs(fill = 'Condition', x = NULL)

效果验证 #

两种方法都能让Down类别正确匹配到指定填充色，消除图中的NA异常区域，堆叠条形图显示正常。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者zahra abdi