如何在ggplot2的同一图表中绘制两条趋势线？

现有包含2个处理组（C、S）、3个样本的基因表达长格式数据，示例如下：

Group   Gene    Sample  exp
C   Gene_1  Sample1 0.8833248
C   Gene_2  Sample1 2.9193536
C   Gene_3  Sample1 -4.27416
S   Gene_1  Sample1 -1.6297201
S   Gene_2  Sample1 3.6535838
S   Gene_3  Sample1 -4.27416
C   Gene_1  Sample2 -0.3275709
C   Gene_2  Sample2 3.4885281
...
C   Gene_3  Sample3 -2.923909
S   Gene_1  Sample3 0.3514516
S   Gene_2  Sample3 2.981017
S   Gene_3  Sample3 -3.1599246

目前能单独绘制每个处理组的趋势图，但无法在同一图表中同时展示两个处理组的趋势线。尝试的代码如下：

C_S<-ggplot(CS_long_fmt, aes(x=Sample, y=exp)) +
geom_line(aes(group=Gene)) +
stat_summary(aes(x=as.numeric(Sample)), fun=mean, geom='line',
           size=1, color='blue')

核心问题是原代码未将Group变量映射到趋势线的分组或颜色属性，导致stat_summary仅计算全局均值而非按处理组分组计算。修改后的代码如下：

library(ggplot2)

C_S <- ggplot(CS_long_fmt, aes(x = Sample, y = exp)) +
  # 绘制所有基因的折线（按Gene分组，低透明度避免干扰趋势线）
  geom_line(aes(group = Gene), alpha = 0.3, color = "gray") +
  # 按处理组计算均值并绘制趋势线，用颜色区分组
  stat_summary(
    aes(x = as.numeric(Sample), group = Group, color = Group),
    fun = mean, 
    geom = 'line',
    size = 1
  ) +
  # 可选：添加均值点，增强趋势线可读性
  stat_summary(
    aes(x = as.numeric(Sample), group = Group, color = Group),
    fun = mean,
    geom = 'point',
    size = 2
  ) +
  # 自定义处理组颜色（可选）
  scale_color_manual(values = c("C" = "blue", "S" = "red")) +
  # 设置坐标轴与图例标签
  labs(x = "样本", y = "基因表达量", color = "处理组") +
  # 主题优化（可选）
  theme_bw()

关键修改说明 #

• 在stat_summary的aes中添加group = Group：确保按处理组分别计算均值并绘制趋势线
• 映射color = Group：用不同颜色区分两个处理组的趋势线
• 给单个基因折线设置alpha=0.3：弱化背景线条，突出趋势线
• 可选添加均值点：让趋势线的数值节点更清晰直观

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Lee