如何让here()函数在R Markdown/Quarto中正常工作？

这是预期行为吗？ #

是预期行为。here()的核心逻辑是从当前工作目录向上遍历，寻找带有项目标记的目录（比如包含.Rproj、.git、.here文件的目录）作为根目录：

• 直接运行脚本时，R的工作目录默认是R项目根目录（打开.Rproj文件时自动设置），因此here()会正确识别到/Users/Jobs/2023/project_x。
• 从Quarto文件调用脚本时，Quarto默认以.qmd所在目录为工作目录，here()会从这个位置向上查找标记文件。如果/Users/Jobs/2023/project_x/Analysis/code目录下存在项目标记文件（比如误创建的.Rproj），或者上层的项目根标记未被正确识别，就会导致here()把该目录当作根。

解决办法 #

• 清理冗余的项目标记文件：检查/Users/Jobs/2023/project_x/Analysis/code目录，删除其中可能存在的.Rproj、.here等标记文件，确保只有项目根目录/Users/Jobs/2023/project_x下有这些标记。
• 在Quarto中显式设置项目根：在.qmd开头的R代码块中强制指定项目根：

  library(here)
  # 直接指定项目根路径
  set_here("/Users/Jobs/2023/project_x")
  

  或者用更通用的方式自动识别R项目根：

  library(here)
  library(rprojroot)
  proj_root <- find_root(is_rstudio_project)
  set_here(proj_root)
  

• 设置Quarto的工作目录：在.qmd的YAML头部添加工作目录配置，直接指定项目根：

  ---
  title: "你的文档标题"
  working-directory: "/Users/Jobs/2023/project_x"
  ---
  

• 调用脚本时使用项目根相对路径：确保在Quarto中调用脚本时，用here()生成正确的脚本路径：

  source(here("Analysis/code/rmd/你的脚本文件名.R"))
  

内容的提问来源于stack exchange，提问作者LucaS