Python循环中如何将DataFrame散点图批量保存至单个PDF文件

你尝试用以下代码保存散点图到PDF时出现错误：

pdf = matplotlib.backends.backend_pdf.PdfPages("./output.pdf")
for df in list_degs_dfs:
    dfplt = df.plot.scatter("DEratio", "MI_scaled")
    pdf.savefig(dfplt)
pdf.close()

错误信息：

ValueError: No figure AxesSubplot(0.125,0.11;0.775x0.77)

后续尝试转换对象时又触发新错误：

import matplotlib.pyplot as plt
pdf = matplotlib.backends.backend_pdf.PdfPages("./output.pdf")
for df in list_degs_dfs:
    dfplt = df.plot.scatter("DEratio", "MI_scaled")
    dfplt = plt.figure(dfplt)
    pdf.savefig(dfplt.Figure)
pdf.close()

错误信息：

TypeError: int() argument must be a string, a bytes-like object or a number, not 'AxesSubplot'

核心原因 #

df.plot.scatter()返回的是AxesSubplot对象（坐标轴实例），而PdfPages.savefig()需要传入的是Figure对象（画布实例），直接传递Axes会触发第一个错误；plt.figure()不接受Axes对象作为参数，因此触发第二个错误。

正确解决方案 #

方案1：从Axes获取对应Figure #

通过Axes对象的get_figure()方法提取所属的Figure，再传入savefig()：

import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib.backends.backend_pdf import PdfPages

pdf = PdfPages("./output.pdf")
for df in list_degs_dfs:
    # 生成散点图，得到Axes实例
    ax = df.plot.scatter("DEratio", "MI_scaled")
    # 从Axes获取关联的Figure
    fig = ax.get_figure()
    # 保存当前Figure到PDF
    pdf.savefig(fig)
    # 关闭Figure释放内存
    plt.close(fig)
pdf.close()

方案2：手动创建Figure和Axes #

提前创建Figure和Axes，指定pandas绘图时使用该Axes，直接操作Figure：

import matplotlib.pyplot as plt
from matplotlib.backends.backend_pdf import PdfPages

pdf = PdfPages("./output.pdf")
for df in list_degs_dfs:
    # 手动创建画布和坐标轴
    fig, ax = plt.subplots()
    # 强制pandas在指定Axes上绘图
    df.plot.scatter("DEratio", "MI_scaled", ax=ax)
    # 保存画布到PDF
    pdf.savefig(fig)
    plt.close(fig)
pdf.close()

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Yulia Kentieva