使用knitr::opts_knit设置R Markdown工作目录失效求助

以下是可能导致knitr::opts_knit$set(root.dir)不生效的几个常见原因：

• getwd()调用时机不对：在setup代码块内直接执行getwd()，此时knitr的root.dir配置还未真正应用。该设置是在后续代码块执行时才会生效，setup块里的getwd()读取的仍是初始工作目录。
• RStudio项目设置覆盖：如果你的R Markdown属于某个RStudio项目（.Rproj），项目自带的工作目录设置优先级高于knitr的root.dir配置。可通过RStudio右上角项目名→「项目选项」→「常规」查看并调整项目工作目录。
• 目标路径权限不足：目标目录/Users/chantal/Documents/PhD/Projects/可能没有读写权限，导致knitr无法切换目录。可执行file.access(normalizePath('/Users/chantal/Documents/PhD/Projects/'), 2)验证，返回0表示有权限，-1则代表权限不足。
• knitr版本存在bug：部分旧版本knitr存在root.dir设置的兼容性问题，尝试更新至最新版本：install.packages("knitr")。
• setup代码块标签有误：确保setup代码块的标签为{r setup, include=FALSE}，缺失include=FALSE或标签格式错误，可能导致配置不被knitr正确识别。

验证方法：在setup代码块之后新增一个独立代码块调用getwd()，此时就能看到是否成功切换到目标目录：

getwd()

内容的提问来源于stack exchange，提问作者SilvaC