Jupyter环境导入SCVI包报错：jax模块未初始化完全无version属性

环境背景 #

• 设备：M1芯片Mac，系统版本13.0.1
• Python版本：3.9.15，运行环境为Jupyter
• 已执行操作：通过以下命令完成SCVI及scvi-tools安装

  !pip3 install SCVI
  !pip install "scvi-tools[tutorials]"
  

• 报错信息：执行import scvi时触发

  AttributeError: partially initialized module 'jax' has no attribute 'version' (most likely due to a circular import)
  

排查与修复步骤 #

1. 修复jax依赖损坏/版本不兼容问题 #

jax循环导入错误多由安装损坏或版本冲突导致，执行以下命令重装依赖：

# 卸载现有冲突包
pip uninstall -y jax jaxlib scvi-tools scvi
# 安装适配M1的jax CPU版本（优先解决基础运行问题）
pip install "jax[cpu]" --upgrade
# 重新安装scvi-tools完整包
pip install "scvi-tools[tutorials]"

2. 使用mambaforge创建纯净隔离环境（推荐） #

全局环境依赖混乱是常见诱因，用mamba创建专属环境可彻底规避：

# 创建新环境，指定Python3.9版本
mamba create -n scvi_env python=3.9 -y
# 激活环境
conda activate scvi_env
# 安装scanpy（bioconda源适配M1）
mamba install scanpy -c bioconda -y
# 安装scvi-tools教程版
pip install "scvi-tools[tutorials]"

3. 启用M1 GPU加速（可选） #

若需利用M1芯片GPU，安装支持Metal的jaxlib版本：

pip uninstall jaxlib -y
# 安装适配arm64的metal版jaxlib
pip install jaxlib==0.4.16 -f https://storage.googleapis.com/jax-releases/jaxlib_releases.html

验证GPU是否识别：

import jax
print(jax.devices())

输出包含MetalDevice即表示GPU配置生效。

4. 关联Jupyter内核到新环境 #

若在Jupyter中使用隔离环境，需添加对应内核：

conda activate scvi_env
pip install ipykernel -y
python -m ipykernel install --user --name=scvi_env

之后在Jupyter界面切换至scvi_env内核运行代码即可。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Samuel S